dna2vec 项目使用教程

dna2vec 项目使用教程

dna2vec dna2vec: Consistent vector representations of variable-length k-mers 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dn/dna2vec

1. 项目目录结构及介绍

dna2vec 项目的目录结构如下：

dna2vec/
├── configs/
├── dna2vec/
├── docs/
├── example_inputs/
├── inputs/
│   └── hg38/
├── pretrained/
├── results/
├── scripts/
├── stat_output/
├── tests/
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── requirements.txt
├── setup.cfg
├── setup.py
└── tox.ini

目录介绍：

• configs/: 存放项目的配置文件。
• dna2vec/: 项目的主要代码文件夹，包含核心功能的实现。
• docs/: 存放项目的文档文件。
• example_inputs/: 存放示例输入文件。
• inputs/hg38/: 存放用于训练的输入数据文件，例如 hg38 基因组数据。
• pretrained/: 存放预训练的模型文件。
• results/: 存放训练结果文件。
• scripts/: 存放项目的脚本文件，例如训练脚本。
• stat_output/: 存放统计输出文件。
• tests/: 存放项目的测试文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• .travis.yml: Travis CI 配置文件。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• MANIFEST.in: 项目打包配置文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• requirements.txt: 项目依赖库列表。
• setup.cfg: 项目安装配置文件。
• setup.py: 项目安装脚本。
• tox.ini: Tox 配置文件。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件主要位于 scripts/ 目录下，其中最重要的启动文件是 train_dna2vec.py。

train_dna2vec.py

该文件是用于训练 dna2vec 模型的主要脚本。可以通过以下命令启动训练：

python3 scripts/train_dna2vec.py -c configs/small_example.yml

其中，-c 参数指定配置文件的路径。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要位于 configs/ 目录下。配置文件通常是 YAML 格式，用于指定训练过程中的各种参数。

small_example.yml

这是一个示例配置文件，用于小型数据集的训练。配置文件中包含以下关键参数：

• input_folder: 输入数据文件夹路径。
• output_folder: 输出结果文件夹路径。
• k_values: k-mer 的长度范围。
• num_dimensions: 向量的维度。
• num_iterations: 训练迭代次数。

hg38-20161219-0153.yml

这是一个用于训练 hg38 基因组数据的配置文件。配置文件中包含与 small_example.yml 类似的参数，但适用于更大规模的数据集。

通过修改配置文件中的参数，可以调整训练过程的行为，例如改变 k-mer 的长度、向量的维度等。

dna2vec dna2vec: Consistent vector representations of variable-length k-mers 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dn/dna2vec