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RDKit | 化合物库的相似性分析

展示一种小分子数据库的相似性分析策略。 实例中使用SMILES文件,该分析可以以相同的方式从分子的SDF或其他格式文件中加载数据,只需确保使用适当的方法将分子加载到RDKit中。 导入库 import os import pandas as pd import numpy as np im...

2019-09-17 10:28:06

阅读数 22

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基于Smiles2vec预测化合物物理性质

Smiles2vec 简而言之,它是自然语言处理(NLP)领域的一项技术,可将字符串转换为矢量。 许多人用smiles字符串预测物理属性。 Smiles2vec的结构 将字符串转换为矢量是NLP领域的一项技术名为Seq2Seq。 在没有学习的情况下简单地解释它,它经常被用在“机器对话和机...

2019-09-16 10:55:00

阅读数 33

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RDKit | 分子坐标的测量和绘图

导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem import PyMol import pickle m...

2019-09-14 19:12:36

阅读数 32

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RDKit | 分子的多种构象

导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDraw...

2019-09-14 19:00:07

阅读数 31

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RDKit | 分子的力场优化

导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDraw...

2019-09-14 13:22:58

阅读数 22

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RDKit | 分子处理入门

导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDra...

2019-09-13 18:51:07

阅读数 30

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RDKit | 可视化重要片段

1. 导入依赖库 from matplotlib.pyplot import figure, imshow, axis from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit import DataStructs imp...

2019-09-13 13:48:59

阅读数 35

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RDKit | 比较分子之间的相似性

比较分子之间的相似性 获取结构和数据,将SMILES转换为RDKit分子对象,然后比较相似性。 1.导入python模块 import numpy as np import pandas as pd import seaborn as sns import matplotlib as ...

2019-09-11 23:11:05

阅读数 25

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RDKit | 基于PCA探索化学空间

基于主成分分析和聚类探索化学空间 PCA :Principal Component Analysis 分析化合物数据库,发现它们之间的共享描述符(物理化学特性)。 1. 导入库 import os import pandas as pd import numpy as np import...

2019-09-11 11:01:41

阅读数 47

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蛋白序列 | 基于深度学习的蛋白质序列家族分类

背景简介 蛋白质数据集来自于结构生物信息学研究协作组织(RCSB)的蛋白质数据库(PDB)。 RCSB : Research Collaboratory for Structural Bioinformatics PDB : Protein Data Bank PDB是原子坐标和描述蛋白质...

2019-09-10 11:29:22

阅读数 50

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Jupyter notebook运行指定的conda虚拟环境

安装nb_conda_kernels conda install nb_conda_kernels 重新启动notebook,在kernel -> change kernel中即可切换到指定的虚拟环境 参考资料: https://github.com/Anaconda-...

2019-08-17 17:55:10

阅读数 26

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Windows10远程访问Jupyter notebook

服务器 Ubuntu 16.04.1 LTS 首先安装Anaconda3 默认情况下,安装好 Anaconda 后打开 jupyter notebook或者命令端输入 jupyter notebook, 访问本地localhost:8888 即可。 如果要访问另一台机器,比如远端服务器上...

2019-08-17 14:59:50

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[数据科学] 通过基因表达监测进行肿瘤预测

简介 通过基因表达监测(DNA微阵列)对新的癌症病例进行分类,从而为鉴定新的癌症类别和将肿瘤分配到已知类别提供了一般方法。这些数据用于对患有急性髓性白血病(AML)和急性淋巴细胞白血病(ALL)的患者进行分类。 代码实例 导入依赖库 import numpy as np import...

2019-08-16 13:53:36

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RStudio个性化界面配置

R语言版本是R-3.6.1 RStudio自身默认的背景界面高亮,长期编程累眼,一般会自己设置暗色界面。具体步骤如下: Tool->Global Options->Appearance-> 1. Font size: 12 2. Editor th...

2019-08-13 19:29:53

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Navicat 12连接PostgreSQL11.3数据库服务器

2019-06-20 20:26:07

阅读数 99

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PostgreSQL11.3 创建用户和创建数据库

#su root #切换到root用户 # su - postgres #首先切换到postgres #psql -bash-4.2$ psql psql (11.3) Type "help" for help. postgres=# 创建用户 ...

2019-06-20 19:49:00

阅读数 287

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PostgreSQL命令行方式登陆数据库

第一步:获取root权限 su root 第二步:登陆PostgreSQL数据库 su - postgres 第三步:切换数据库 psql drugcentre

2019-06-20 13:49:32

阅读数 133

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RDkit&mol2vec :基于逻辑回归的靶标抑制剂活性二分类对比

RDKit RDKit是用C ++和Python编写的化学信息学和机器学习的工具包。 RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库...

2019-06-18 23:04:28

阅读数 185

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Nature | 机器学习在药物研发中的应用

摘要 药物研发管线漫长、复杂且取决于许多因素。机器学习(ML)通过丰富且高质量的数据改进指定问题的发现和决策。机器学习在药物发现的所有阶段都有应用:靶标验证、生物标志物的鉴定和临床试验中数字病理学数据的分析。应用程序的范围和方法不同,有些方法可以产生准确的预测和解释。应用机器学习的主要挑战在于M...

2019-06-18 12:48:18

阅读数 334

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RDKit:可视化药效团(Pharmacophore)

药效团 成药靶点中必定存在着能与药物结合的特异性结合位点。对某个靶点发挥活性的化合物在结构特征上必定有相似之处。这些化合物的最普遍的共有特性被定义为药效团(pharmacophore) 药效团模型的重要意义: 药效团模型不仅仅利用分子拓扑学相似性而且利用了基团的功能相似性,从而运用了生物电子...

2019-06-17 18:30:33

阅读数 335

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