AspirinCode

Fight Disease With Code ! Fight Disease With DT !

RSS订阅
排序：
默认
按更新时间
按访问量

原 基于RDKit探索DrugBank

如题：仅供参考   #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem import AllChem from rdkit i...

2018-10-06 22:26:41

阅读数：57

评论数：0

原 基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题，尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能更易于使用的软件包。 <数据集文件见：https://download.csdn.net...

2018-09-16 17:04:08

阅读数：154

评论数：0

原 RDKit：化合物亚结构（Substructure）搜索（基于Python3）

  代码示例： #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit.Chem import AllChem as ch from rdkit.Chem import Draw as d #载入分子库 suppl = ch.SDMolSupplier('drugb...

2018-09-12 18:23:16

阅读数：165

评论数：0

原 Python3连接PostgreSQL（10.5）数据库

一、Psycopg简介 Psycopg是Python编程语言中最流行的PostgreSQL数据库适配器。它的主要功能是完整实现Python DB API 2.0规范和线程安全（多个线程可以共享相同的连接）。它专为大量多线程应用程序而设计，可以创建和销毁大量游标并创建大量并发“INSERT”或“U...

2018-09-10 16:27:32

阅读数：152

评论数：0

原 PostgreSQL10.5安装后（Win10）环境变量配置与运行

  一、PostgreSQL10.5安装后（Win10）环境变量配置 安装见：PostgreSQL10.5安装详细步骤（Win10） 需要设置环境变量，包括三项：data存放路径，lib以及bin目录        C:\PostgreSQL10\data (data的安装目录是可选的，例...

2018-09-09 16:15:51

阅读数：199

评论数：0

原 PostgreSQL10.5安装详细步骤（Win10）

一、PostgreSQL安装： 1. 获取安装包 https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads 2. 开始安装 3. 选择程序安装目录 4、选择数据存放目录 5、输入数据库超级用...

2018-09-09 14:53:43

阅读数：534

评论数：0

原 Biopython：Fasta格式转CSV格式

Fasta格式转CSV格式 #载入数据 meta=[] sequence=[] seq = ('ls_orchid.fasta') for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"): meta.append(s...

2018-09-08 19:06:45

阅读数：34

评论数：0

原 基于机器学习的化合物活性预测模型

利用化合物的结构与活性数据，基于RDKit和Python3的机器学习活性预测模型。   代码示例： #导入必须的包 #!/usr/bin/env python3 from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.Chem import AllCh...

2018-09-06 21:23:45

阅读数：233

评论数：0

原 化学结构格式SDF的认识

  第一行：一般作为分子名字，如 Levetiracetam 第二行：注释，ChemDraw06111413562D 第三行：一般是空行 第四行：是原子个数 键的个数等的起始行。 M  END所在行结束原子个数 键的个数等信息。 属性1 属性1值 空行 属性2 属性2值 空行...

2018-09-04 15:19:34

阅读数：230

评论数：0

原 RDKit：基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。 《仅供参考》 # In[1]:导入依赖包 from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.ML.Descripto...

2018-09-02 20:57:13

阅读数：158

评论数：0

原 RDKit：基于分子文件输出分子结构

  #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw spl = Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf') #读入分子库 mols = [] for mol in spl...

2018-09-02 19:16:13

阅读数：117

评论数：0

原 BioPython安装与入门

BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言，在计算机科学中日益流行。Python易学，语法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或 者FO...

2018-08-31 13:09:22

阅读数：247

评论数：0

原 RDKit：化合物相似性搜索（基于Python3）

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索 化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史，许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。 本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。 代码实例： #导入依赖包 #!/usr/bin/env python3 fr...

2018-08-28 20:46:35

阅读数：204

评论数：0

原 RDKit：化合物骨架分析（基于Python3）

基于RDKit的骨架分析 代码实例： # In[1]: #!/usr/bin/env python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaf...

2018-08-26 18:53:06

阅读数：220

评论数：0

原 利用openbabel2.4.1进行小分子构象搜索

利用open babel产生小分子多重构象的方法有两种： 一，使用遗传算法（遗传算法）进行构象搜索，属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子生成20个小分子构象，然后使用-writeco...

2018-08-22 19:42:45

阅读数：120

评论数：0

原 初探Django2.1：Win10+Python3.6.6环境下安装Django

Django的简介 Django的是一个开放源代码的网络应用框架，由Python的写成。采用了MVC的框架模式，即模型男，视图V和控制器C.它最初是被开发来用于管理劳伦斯出版集团旗下的一些以新闻内容为主的网站的，即是CMS（内容管理系统）软件。并于2005年7月在BSD许可证下发布。这套框架是以...

2018-08-22 19:24:18

阅读数：91

评论数：0

原 DrugBank:小分子数据信息挖掘

DrugBank数据库简介 DrugBank数据库是唯一将详细的药品数据（即化学，药理学和制药）与综合药物靶点信息（即序列，结构和作用通路）相结合的“生物信息学和化学信息学”资源.DrugBank由加拿大卫生研究院，亚伯达省创新 - 健康解决方案和代谢组学创新中心（TMIC）提供支持，该中心是国...

2018-08-21 18:59:13

阅读数：312

评论数：0

原 RDKit：化学指纹（Chemical Fingerprinting）

化学指纹识别是一种将绘制的分子转换为0和1位的流的方法。旧指纹类型是MACCS密钥，由前MDL开发，作为在分子数据库中进行子结构筛选的快速方法。公共版本包含166个键，即166 0和1，其中每个键对应于特定的分子特征，例如存在羰基（键154：（'[＃6] = [＃8]'，0），RDkit中的#C ...

2018-08-18 00:04:40

阅读数：248

评论数：0

原 《机器学习Python实践》——数据导入（CSV）

一，CSV 逗号分隔值（逗号分隔值，CSV，有时也称为字符分隔值，因为分隔字符也可以不是逗号），其文件以纯文本形式存储表格数据（数字和文本）。字幕：纯意味着该文件的英文一个字符序列，不含必须像二进制数字那样被解读的数据。CSV文件由任意数目的记录组成，记录间以某种换行符分隔;每条记录由字段组成，...

2018-08-14 18:14:10

阅读数：114

评论数：0

转 只需十四步：从零开始掌握Python机器学习（附资源）

  Python 可以说是现在最流行的机器学习语言，而且你也能在网上找到大量的资源。你现在也在考虑从 Python 入门机器学习吗？本教程或许能帮你成功上手，从 0 到 1 掌握 Python 机器学习，至于后面再从 1 到 100 变成机器学习专家，就要看你自己的努力了。本教程原文分为两个部分...

2018-08-14 18:11:30

阅读数：118

评论数：0

提示
确定要删除当前文章？
取消 删除
关闭
关闭