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原 RDKit：化学指纹（Chemical Fingerprinting）

化学指纹识别是一种将绘制的分子转换为0和1位的流的方法。旧指纹类型是MACCS密钥，由前MDL开发，作为在分子数据库中进行子结构筛选的快速方法。公共版本包含166个键，即166 0和1，其中每个键对应于特定的分子特征，例如存在羰基（键154：（'[＃6] = [＃8]'，0），RDkit中的#C ...

2018-08-18 00:04:40

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原《机器学习Python实践》——数据导入（CSV）

一，CSV 逗号分隔值（逗号分隔值，CSV，有时也称为字符分隔值，因为分隔字符也可以不是逗号），其文件以纯文本形式存储表格数据（数字和文本）。字幕：纯意味着该文件的英文一个字符序列，不含必须像二进制数字那样被解读的数据。CSV文件由任意数目的记录组成，记录间以某种换行符分隔;每条记录由字段组成，...

2018-08-14 18:14:10

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转只需十四步：从零开始掌握Python机器学习（附资源）

Python 可以说是现在最流行的机器学习语言，而且你也能在网上找到大量的资源。你现在也在考虑从 Python 入门机器学习吗？本教程或许能帮你成功上手，从 0 到 1 掌握 Python 机器学习，至于后面再从 1 到 100 变成机器学习专家，就要看你自己的努力了。本教程原文分为两个部分...

2018-08-14 18:11:30

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原 Jupyter Notebook显示图像

使用matplotlib绘图 %matplotlib inline #!/usr/bin/python3 %matplotlib inline jupyter内嵌问题， %pylab inline

2018-08-12 17:47:28

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原 ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据

ChemDataExtractor简介 ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。给它一篇期刊文章，它将从文本中提取化学名称、属性和光谱，以便将它们导入数据库或电子表格。 ChemDataExtractor官网 ChemDataExtractor特点自然...

2018-08-12 17:46:29

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原基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型

Pytorch与QSAR 尝试使用pytorch和RDKit构建QSAR模型环境依赖 pip install pprint pip install argparse #安装rdkit conda install -c rdkit rdkit 安装pytorch 基于Pytorc...

2018-08-11 13:46:16

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原 Win10+Python3.6下Pytorch安装(基于conda或pip)

Pytroch简介 Pytorch是Facebook的AI研究团队发布了一个Python工具包，专门针对GPU加速的深度神经网络（DNN）编程.Torch是一个经典的对多维矩阵数据进行操作的张量（tensor）库，在机器学习和其他数学密集型应用有广泛应用。但由于Torch语言采用Lua，导致在国...

2018-08-11 12:07:18

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原 RDKit：基于RECAP生成片段

尝试使用RECAP进行分子碎裂！ RDKit代码： #导入模块，载入分子 #!usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Recap from rdkit.Chem import Draw from rdk...

2018-08-10 23:01:05

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原 RDKit：运用RDKit计算USRCAT

USRCAT USRCAT是基于形状的方法，它的工作速度非常快。代码是免费提供的，如果要使用代码，用户需要安装它。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/ RDKit代码： import os import seabor...

2018-08-10 21:47:37

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原基于RDKit的Python脚本：SDF格式转SMILES格式

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software http://www.rdkit.org/ 简化分子线性输入规范（SMILES）是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范，由David Weininger和Arthur Weinin...

2018-08-04 22:29:55

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原 RDKit2018.03.3+Win10（64位）：ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

RDKit2018.03.3,：ImportError: DLL load failed 环境：RDKit2018.03.3+Anaconda3+python3.6.6 安装命令：conda install -c rdkit rdkit 运行报错如下：解决办法：安装与py-...

2018-08-04 14:05:15

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原 RDKit2018.03.3+Win10（64位）：ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

RDKit2018.03.3,：ImportError: DLL load failed 环境：RDKit2018.03.3+Anaconda3+python3.6.6 安装命令：conda install -c rdkit rdkit 运行报错如下：折中的解决办法：安装RDK...

2018-08-02 19:35:04

阅读数：41

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原 Python脚本：聚类小分子数据集

聚类分子（Clustering molecules）聚类是一种有价值的化学信息学技术，用于将大型化合物数据集合细分为单个小组相似化合物。其中一个优点是处理非常大的小分子数据集时特别有用。通常用于分析高通量筛选结果、虚拟筛选或对接研究的分析。基于RDKit的Python脚本用于聚...

2018-07-25 15:10:54

阅读数：131

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转 KNIME学习记录

KNIME的介绍 KNIME的按钮说明 KNIME的例子 KNIME的注意事项 ————————- KNIME的介绍 KNIME发音为：[naim]（就是用“k”，就像“knife”一样）。它由康斯坦茨大学的Michael Berthold小组开发。 KNIME系统是基于Eclip...

2018-07-19 16:00:05

阅读数：50

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原 Python脚本：将mol2分子库文件拆分为单个mol2文件

如题：讲mol2分子库文件拆分为单个mol2文件用法：python split_multimol2.py multi-mol2.mol2 out_dir注释：python 脚本文件 mol2分子库输出目录split_multimol2.py：#Python2 or Python3 #Aspiri...

2018-07-12 11:19:11

阅读数：118

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原 Python：PDB文件中原子和残基重新编号

Python脚本：PDB文件中原子和残基重新编号Command:python renumber_pdb.py -i protein.pdb -a -r &gt; output.pdbrenumber_pdb.py# Python 3 script to atoms and resi...

2018-07-11 23:56:03

阅读数：153

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原 Python：计算两个蛋白或小分子之间的RMSD

Python脚本：计算两个蛋白或小分子之间的RMSD用法：python rmsd.py protein1.pdb protein2.pdbrmsd.py# Root-mean-square deviation (RMSD) for proteins and/or ligands # in PDB ...

2018-07-11 23:42:04

阅读数：104

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原停止NVIDIA的GPU进程

kill -9 PID某个GPU进程：停止进程：kill -9 5694

2018-06-05 17:54:55

阅读数：182

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原开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

1. CDK (Chemistry Development Kit) 官网：https://cdk.github.io/点击打开链接 CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。该项目由Christoph Steinbeck，Egon Willighagen与Jmol和JC...

2018-06-01 12:14:22

阅读数：486

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原 CentOS7 关闭防火墙

每次远程连接Jupyter Notebook，都被禁止访问需要临时关闭防火墙。CentOS7版本防火墙默认使用firewalld#临时关闭 systemctl stop firewalld #禁止开机启动 systemctl disable firewalld Removed symlink /e...

2018-05-31 17:44:14

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