Spinal Cord Toolbox 项目教程

Spinal Cord Toolbox 项目教程

spinalcordtoolbox Comprehensive and open-source library of analysis tools for MRI of the spinal cord. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sp/spinalcordtoolbox

1. 项目目录结构及介绍

Spinal Cord Toolbox (SCT) 是一个用于脊髓 MRI 数据处理和分析的综合性开源工具库。以下是项目的目录结构及其介绍：

spinalcordtoolbox/
├── ci.sh                # CI 配置脚本
├── data/                # 数据文件
├── documentation/       # 文档文件
├── spinalcordtoolbox/   # 主要工具代码
├── testing/             # 测试代码
├── .gitignore           # Git 忽略文件配置
├── readthedocs.yaml     # ReadTheDocs 配置文件
├── CHANGES.md           # 变更日志
├── CODE_OF_CONDUCT.md   # 行为准则
├── CONTRIBUTING.rst     # 贡献指南
├── LICENSE              # 许可证文件
├── MANIFEST.in          # 打包清单
├── README.rst           # 项目介绍
├── batch_processing.sh  # 批处理脚本
├── install_sct          # 安装脚本
├── install_sct.bat      # Windows 安装脚本
├── requirements.txt     # 依赖包列表
├── setup.cfg            # 安装配置文件
└── setup.py             # 安装脚本

目录介绍

• ci.sh: 持续集成配置脚本。
• data/: 存放项目所需的数据文件。
• documentation/: 存放项目的文档文件。
• spinalcordtoolbox/: 主要工具代码目录。
• testing/: 存放测试代码。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• readthedocs.yaml: ReadTheDocs 配置文件。
• CHANGES.md: 项目变更日志。
• CODE_OF_CONDUCT.md: 项目行为准则。
• CONTRIBUTING.rst: 贡献指南。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• MANIFEST.in: 打包清单。
• README.rst: 项目介绍文件。
• batch_processing.sh: 批处理脚本。
• install_sct: macOS 和 Linux 安装脚本。
• install_sct.bat: Windows 安装脚本。
• requirements.txt: 项目依赖包列表。
• setup.cfg: 安装配置文件。
• setup.py: 安装脚本。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件主要是 install_sct 和 install_sct.bat。这两个文件分别用于 macOS/Linux 和 Windows 系统的安装。

install_sct

这是一个 Bash 脚本，用于在 macOS 和 Linux 系统上安装 Spinal Cord Toolbox。用户可以通过终端运行以下命令来启动安装：

./install_sct

install_sct.bat

这是一个 Windows 批处理脚本，用于在 Windows 系统上安装 Spinal Cord Toolbox。用户可以通过双击该文件或在命令提示符中运行以下命令来启动安装：

install_sct.bat

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要包括 setup.cfg 和 requirements.txt。

setup.cfg

这是一个配置文件，用于定义项目的安装选项和依赖项。它包含了项目的元数据、安装路径、依赖包等信息。

requirements.txt

这是一个文本文件，列出了项目运行所需的 Python 依赖包及其版本。用户可以通过以下命令安装这些依赖包：

pip install -r requirements.txt

通过以上配置文件，用户可以方便地安装和管理 Spinal Cord Toolbox 的依赖项。

spinalcordtoolbox Comprehensive and open-source library of analysis tools for MRI of the spinal cord. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sp/spinalcordtoolbox