dotPlotly 教程：交互式点状图绘制工具

dotPlotly 教程：交互式点状图绘制工具

dotPlotlyGenerate an interactive dot plot from mummer or minimap alignments项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dotPlotly

1. 项目介绍

dotPlotly 是一款基于 R 语言的工具，专为生物信息学家设计，用于从 mummer 或 minimap2 的比对结果中生成交互式的点状图。它不仅支持导出静态 PNG 和 PDF 图片，还提供了一个 Shiny 应用程序，方便用户在浏览器中实时查看和探索数据。此工具由 Tom Poorten 开发，致力于提供直观且具有交互性的序列比对展示。

2. 项目快速启动

安装依赖

确保已安装 R 语言环境和以下 R 包：

install.packages(c("optparse", "ggplot2", "plotly"))

安装 dotPlotly

克隆 dotPlotly 仓库：

git clone https://github.com/tpoorten/dotPlotly.git

然后在 R 中加载项目：

setwd("path/to/dotPlotly") # 替换为 dotPlotly 仓库的实际路径
source("run_dotPlotly.R")

使用示例

运行 dotPlotly 生成比对图，例如从 mummer 的 show-coords 输出：

run_dotPlotly(
    alignment_file = "path/to/show-coords.output",
    output_format = "png",
    output_name = "my_plot.png"
)

Shiny 应用

要启动 Shiny 应用，运行：

shiny_app()

然后在浏览器中访问显示的 URL，即可进行交互式查看。

3. 应用案例和最佳实践

• 基因组对比：比较两个或多个基因组，识别同源区域、插入、缺失和重组事件。
• 组装质量评估：评估组装片段的质量，检查重复区和参考基因组的对应关系。
• 过滤和定制：利用过滤选项忽略较短的比对，选择不同的颜色编码以表示匹配程度，或者调整图的大小以适应不同的显示需求。

最佳实践包括预先处理比对数据以减少无关比对，以及使用 Shiny 应用进行探索性分析。

4. 典型生态项目

• mummer: 用于全基因组顺序比对的工具。
• minimap2: 快速近似局部比对器，适合大量序列的数据处理。
• ggplot2: 强大的 R 数据可视化库，用于创建高质量的静态图形。
• plotly: 提供交互式图形的能力，用于 dotPlotly 中的动态探索。

通过结合这些生态项目，dotPlotly 能够为生物信息学分析带来高效的可视解决方案。

dotPlotlyGenerate an interactive dot plot from mummer or minimap alignments项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dotPlotly