Shournal 项目教程

Shournal 项目教程

shournalLog shell-commands and used files. Snapshot executed scripts. Fully automatic.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/shournal

1. 项目介绍

Shournal 是一个用于记录和查询 shell 命令执行历史的工具，旨在提高数据分析和科学研究的 reproducibility（可重复性）。它通过监控 shell 命令的执行，记录相关的文件操作和环境信息，帮助用户追踪和重现工作流程。Shournal 支持 GNU/Linux 和通过 Windows Subsystem for Linux (WSL) 的 Windows 系统。

2. 项目快速启动

安装 Shournal

首先，确保你的系统已经安装了 Git 和 Python。然后，通过以下命令克隆并安装 Shournal：

git clone https://github.com/tycho-kirchner/shournal.git
cd shournal
python setup.py install

启用 Shournal

在终端中启用 Shournal 监控：

export SHOURNAL_ENABLE=1

执行命令

执行一些 shell 命令，例如：

echo "Hello, Shournal!" > testfile.txt

查询命令历史

使用 Shournal 查询刚刚执行的命令：

shournal --query --wfile testfile.txt

3. 应用案例和最佳实践

案例1：数据分析流程的记录

在数据分析过程中，使用 Shournal 记录每个步骤的命令和文件操作，确保后续可以重现分析结果。

shournal --enable
# 执行数据分析命令
shournal --query --wfile output.csv

案例2：版本控制系统的补充

在没有使用版本控制系统的情况下，Shournal 可以帮助记录和恢复脚本和输入文件的历史版本。

shournal -q --rname script.sh --restore-rfiles

4. 典型生态项目

Snakemake

Shournal 可以与 Snakemake 工作流引擎结合使用，将记录的 shell 命令直接转换为 Snakemake 规则，从而创建可重复和可扩展的数据分析流程。

CDE, CARE, ReproZip

Shournal 可以与这些工具结合使用，进一步增强工作流程的可重复性和可移植性。

通过以上步骤，你可以快速上手并充分利用 Shournal 的功能，提升你的工作流程的可重复性和效率。

shournalLog shell-commands and used files. Snapshot executed scripts. Fully automatic.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/shournal