Shournal 项目教程
1. 项目介绍
Shournal 是一个用于记录和查询 shell 命令执行历史的工具,旨在提高数据分析和科学研究的 reproducibility(可重复性)。它通过监控 shell 命令的执行,记录相关的文件操作和环境信息,帮助用户追踪和重现工作流程。Shournal 支持 GNU/Linux 和通过 Windows Subsystem for Linux (WSL) 的 Windows 系统。
2. 项目快速启动
安装 Shournal
首先,确保你的系统已经安装了 Git 和 Python。然后,通过以下命令克隆并安装 Shournal:
git clone https://github.com/tycho-kirchner/shournal.git
cd shournal
python setup.py install
启用 Shournal
在终端中启用 Shournal 监控:
export SHOURNAL_ENABLE=1
执行命令
执行一些 shell 命令,例如:
echo "Hello, Shournal!" > testfile.txt
查询命令历史
使用 Shournal 查询刚刚执行的命令:
shournal --query --wfile testfile.txt
3. 应用案例和最佳实践
案例1:数据分析流程的记录
在数据分析过程中,使用 Shournal 记录每个步骤的命令和文件操作,确保后续可以重现分析结果。
shournal --enable
# 执行数据分析命令
shournal --query --wfile output.csv
案例2:版本控制系统的补充
在没有使用版本控制系统的情况下,Shournal 可以帮助记录和恢复脚本和输入文件的历史版本。
shournal -q --rname script.sh --restore-rfiles
4. 典型生态项目
Snakemake
Shournal 可以与 Snakemake 工作流引擎结合使用,将记录的 shell 命令直接转换为 Snakemake 规则,从而创建可重复和可扩展的数据分析流程。
CDE, CARE, ReproZip
Shournal 可以与这些工具结合使用,进一步增强工作流程的可重复性和可移植性。
通过以上步骤,你可以快速上手并充分利用 Shournal 的功能,提升你的工作流程的可重复性和效率。