bcbio-nextgen 项目教程

bcbio-nextgen 项目教程

bcbio-nextgenValidated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bc/bcbio-nextgen

1. 项目的目录结构及介绍

bcbio-nextgen 项目的目录结构如下：

bcbio-nextgen/
├── config/
├── docs/
├── scripts/
├── tests/
├── .gitignore
├── .readthedocs.yml
├── .travis.yml
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── HISTORY.md
├── LICENSE.txt
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── Vagrantfile
├── requirements-conda.txt
├── requirements-dev.txt
├── requirements.txt
├── setup.cfg
├── setup.py

目录介绍

• config/: 包含项目的配置文件。
• docs/: 包含项目的文档文件。
• scripts/: 包含项目的脚本文件。
• tests/: 包含项目的测试文件。
• .gitignore: Git 忽略文件。
• .readthedocs.yml: Read the Docs 配置文件。
• .travis.yml: Travis CI 配置文件。
• CODE_OF_CONDUCT.md: 行为准则文件。
• HISTORY.md: 项目历史记录文件。
• LICENSE.txt: 项目许可证文件。
• MANIFEST.in: 清单文件。
• README.md: 项目说明文件。
• Vagrantfile: Vagrant 配置文件。
• requirements-conda.txt: Conda 依赖文件。
• requirements-dev.txt: 开发依赖文件。
• requirements.txt: 项目依赖文件。
• setup.cfg: 安装配置文件。
• setup.py: 安装脚本文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 bcbio_nextgen.py，位于项目根目录下。该文件用于启动 bcbio-nextgen 的分析流程。

启动文件功能

• 初始化项目配置。
• 处理样本数据。
• 运行分析流程。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要位于 config/ 目录下。配置文件用于定义项目的运行参数和样本信息。

配置文件类型

• project1.yaml: 项目配置文件，包含分析流程的详细配置。
• sample_metadata.csv: 样本元数据文件，包含样本的详细信息。

配置文件示例

# project1.yaml
details:
  - analysis: variant2
    genome_build: hg38
    algorithm:
      aligner: bwa
      variantcaller: freebayes

# sample_metadata.csv
samplename,description
sample1,Control
sample2,Treatment

通过这些配置文件，用户可以自定义分析流程和样本信息，实现个性化的数据处理。

bcbio-nextgenValidated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bc/bcbio-nextgen