bcbio-nextgen：生物信息学分析的强大工具

bcbio-nextgen：生物信息学分析的强大工具

bcbio-nextgenValidated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bc/bcbio-nextgen

项目介绍

bcbio-nextgen 是一个经过验证、可扩展且由社区开发的变异检测、RNA-seq 和小 RNA 分析工具。它通过一个高级配置文件来指定输入和分析参数，驱动并行运行，处理分布式执行、幂等处理重启和安全事务步骤。bcbio-nextgen 提供了一个共享的社区资源，处理测序分析的数据处理部分，使研究人员能够更多地专注于下游生物学研究。

项目技术分析

bcbio-nextgen 的核心优势在于其社区开发和高度可配置性。它支持多种分析算法，包括变异检测（小变异和拷贝数变异）、RNA-seq、ATAC-seq、BS-Seq、单细胞 RNA-seq 和小 RNA 分析。此外，它还支持分布式计算，能够在单个多核计算机、计算集群或亚马逊云上运行，极大地提高了处理大规模数据集的能力。

项目及技术应用场景

bcbio-nextgen 适用于各种生物信息学分析场景，特别是需要处理大规模测序数据的研究项目。例如，全基因组测序分析、大规模人群研究、RNA-seq 分析等。其自动验证功能确保了分析结果的准确性，使其成为生物信息学研究人员的理想选择。

项目特点

1. 社区开发：欢迎贡献者参与，共同克服生物学、算法和计算方面的挑战。
2. 安装简便：提供一个安装脚本，自动准备所有第三方软件、数据库和系统配置文件。
3. 自动验证：通过与常见参考材料或样本特定 SNP 阵列的比较，确保变异检测的准确性。
4. 分布式计算：支持并行分析和扩展，适用于大规模数据处理。
5. 多分析算法：提供可配置的分析管道，满足不同类型的测序数据分析需求。

快速开始

1. 安装：

   wget https://raw.githubusercontent.com/bcbio/bcbio-nextgen/master/scripts/bcbio_nextgen_install.py
   python bcbio_nextgen_install.py /usr/local/share/bcbio --tooldir=/usr/local \
         --genomes hg38 --aligners bwa --aligners bowtie2
   

2. 创建处理描述：

   bcbio_nextgen.py -w template freebayes-variant project1.csv sample1.bam sample2_1.fq sample2_2.fq
   

3. 运行分析：

   cd project1/work
   bcbio_nextgen.py ../config/project1.yaml -n 8
   

文档与贡献

详细文档请参阅 bcbio-nextgen 官方文档。欢迎通过 GitHub 提出改进建议或报告问题，并在 biovalidation 邮件列表 上进行讨论。

贡献者

bcbio-nextgen 的开发得到了全球众多研究人员的贡献，包括来自 AstraZeneca、Harvard Chan Bioinformatics Core、Science for Life Laboratory 等机构的专家。

许可证

代码基于 MIT 许可证 自由可用。

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bcbio-nextgen 是一个强大且灵活的生物信息学分析工具，适用于各种测序数据处理需求。其社区驱动的开发模式和丰富的功能使其成为生物信息学研究人员的理想选择。立即尝试，提升您的研究效率！

bcbio-nextgenValidated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bc/bcbio-nextgen