Auto3D 项目安装与使用教程
1. 项目目录结构及介绍
Auto3D 项目的目录结构如下:
Auto3D_pkg/
├── Auto3D/
│ ├── __init__.py
│ ├── main.py
│ ├── options.py
│ └── ...
├── example/
│ ├── files/
│ │ ├── smiles.smi
│ │ └── ...
│ └── ...
├── installation.yml
├── README.md
└── ...
目录结构介绍
- Auto3D/: 包含项目的主要代码文件,如
main.py
和options.py
。 - example/: 包含示例文件和使用案例,如
smiles.smi
。 - installation.yml: 项目的依赖配置文件,用于创建环境并安装依赖。
- README.md: 项目的说明文档,包含项目的基本信息和使用指南。
2. 项目启动文件介绍
项目的启动文件是 Auto3D/main.py
。该文件是 Auto3D 的核心模块,负责处理输入文件、生成低能量构象、进行几何优化和排名等操作。
启动文件功能
- 输入处理: 从指定的输入文件(如 SMILES 文件)读取分子信息。
- 构象生成: 使用 ANI 和 AIMNet 神经网络原子势能进行构象生成。
- 几何优化: 对生成的构象进行几何优化。
- 结果输出: 将优化后的构象和相关数据输出到指定目录。
使用示例
在终端中运行以下命令启动项目:
python auto3D.py "example/files/smiles.smi" --k=1 --optimizing_engine="ANI2x"
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件是 installation.yml
。该文件定义了项目所需的环境和依赖项,用于创建和激活项目运行所需的环境。
配置文件内容
name: auto3D
channels:
- conda-forge
dependencies:
- python>=3.7
- rdkit>=2022.03.1
- pytorch>=2.1.0
- ...
配置文件功能
- 环境创建: 使用
conda env create --file installation.yml --name auto3D
命令创建名为auto3D
的环境。 - 依赖安装: 安装项目运行所需的所有依赖项,如 Python、RDKit 和 PyTorch。
使用示例
在终端中运行以下命令创建并激活环境:
conda env create --file installation.yml --name auto3D
conda activate auto3D
通过以上步骤,您可以成功安装并运行 Auto3D 项目,生成低能量构象并进行几何优化。