Auto3D 项目安装与使用教程

Auto3D 项目安装与使用教程

Auto3D_pkg Auto3D generates low-energy conformers from SMILES/SDF 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/au/Auto3D_pkg

1. 项目目录结构及介绍

Auto3D 项目的目录结构如下：

Auto3D_pkg/
├── Auto3D/
│   ├── __init__.py
│   ├── main.py
│   ├── options.py
│   └── ...
├── example/
│   ├── files/
│   │   ├── smiles.smi
│   │   └── ...
│   └── ...
├── installation.yml
├── README.md
└── ...

目录结构介绍

• Auto3D/: 包含项目的主要代码文件，如 main.py 和 options.py。
• example/: 包含示例文件和使用案例，如 smiles.smi。
• installation.yml: 项目的依赖配置文件，用于创建环境并安装依赖。
• README.md: 项目的说明文档，包含项目的基本信息和使用指南。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件是 Auto3D/main.py。该文件是 Auto3D 的核心模块，负责处理输入文件、生成低能量构象、进行几何优化和排名等操作。

启动文件功能

• 输入处理: 从指定的输入文件（如 SMILES 文件）读取分子信息。
• 构象生成: 使用 ANI 和 AIMNet 神经网络原子势能进行构象生成。
• 几何优化: 对生成的构象进行几何优化。
• 结果输出: 将优化后的构象和相关数据输出到指定目录。

使用示例

在终端中运行以下命令启动项目：

python auto3D.py "example/files/smiles.smi" --k=1 --optimizing_engine="ANI2x"

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 installation.yml。该文件定义了项目所需的环境和依赖项，用于创建和激活项目运行所需的环境。

配置文件内容

name: auto3D
channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - python>=3.7
  - rdkit>=2022.03.1
  - pytorch>=2.1.0
  - ...

配置文件功能

• 环境创建: 使用 conda env create --file installation.yml --name auto3D 命令创建名为 auto3D 的环境。
• 依赖安装: 安装项目运行所需的所有依赖项，如 Python、RDKit 和 PyTorch。

使用示例

在终端中运行以下命令创建并激活环境：

conda env create --file installation.yml --name auto3D
conda activate auto3D

通过以上步骤，您可以成功安装并运行 Auto3D 项目，生成低能量构象并进行几何优化。

Auto3D_pkg Auto3D generates low-energy conformers from SMILES/SDF 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/au/Auto3D_pkg