ClinicaDL 项目教程
1. 项目的目录结构及介绍
ClinicaDL 项目的目录结构如下:
clinicadl/
├── clinicadl/
│ ├── __init__.py
│ ├── tsvtools/
│ ├── quality_check/
│ ├── prepare_data/
│ ├── generate/
│ └── ...
├── tests/
│ ├── test_tsvtools.py
│ ├── test_quality_check.py
│ ├── test_prepare_data.py
│ └── ...
├── docs/
│ ├── index.md
│ ├── installation.md
│ ├── user_documentation.md
│ └── ...
├── setup.py
├── requirements.txt
├── LICENSE
└── README.md
目录结构介绍
-
clinicadl/
: 项目的主要代码目录,包含各个功能模块的实现。__init__.py
: 初始化文件,用于将clinicadl
目录标记为一个 Python 包。tsvtools/
: 处理 TSV 文件的工具模块。quality_check/
: 质量检查模块,用于对预处理后的数据进行质量控制。prepare_data/
: 数据准备模块,用于为深度学习准备输入数据。generate/
: 生成合成数据集的模块。...
: 其他功能模块。
-
tests/
: 包含项目的测试代码,每个模块都有对应的测试文件。test_tsvtools.py
: 测试tsvtools
模块的代码。test_quality_check.py
: 测试quality_check
模块的代码。test_prepare_data.py
: 测试prepare_data
模块的代码。...
: 其他测试文件。
-
docs/
: 项目的文档目录,包含用户文档和安装指南等。index.md
: 文档首页。installation.md
: 安装指南。user_documentation.md
: 用户文档。...
: 其他文档文件。
-
setup.py
: 项目的安装脚本,用于安装项目依赖和打包项目。 -
requirements.txt
: 项目依赖文件,列出了项目所需的 Python 包。 -
LICENSE
: 项目的开源许可证文件。 -
README.md
: 项目的介绍文件,包含项目的基本信息和使用说明。
2. 项目的启动文件介绍
ClinicaDL 项目的启动文件是 setup.py
。该文件用于安装项目依赖和打包项目。用户可以通过以下命令安装 ClinicaDL:
pip install .
安装完成后,用户可以通过命令行工具 clinicadl
启动项目。例如:
clinicadl tsvtools
3. 项目的配置文件介绍
ClinicaDL 项目的配置文件主要包括 setup.py
和 requirements.txt
。
setup.py
setup.py
是项目的安装脚本,用于安装项目依赖和打包项目。用户可以通过运行以下命令来安装 ClinicaDL:
python setup.py install
requirements.txt
requirements.txt
文件列出了项目所需的 Python 包及其版本。用户可以通过以下命令安装这些依赖:
pip install -r requirements.txt
这些配置文件确保了项目在不同环境中的正确安装和运行。