BIDScoin安装与使用指南

BIDScoin安装与使用指南

bidscoin BIDScoin converts your source-level neuroimaging data to BIDS 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/bidscoin

1. 项目目录结构及介绍

BIDScoin是一个旨在将原始神经成像数据转换为符合BIDS（脑成像数据结构）标准的数据集的友好型开源工具。以下是基于其GitHub仓库https://github.com/Donders-Institute/bidscoin.git的一般性目录结构说明：

├── bidscoin           # 主要应用程序代码库
│   ├── __init__.py    # 初始化模块
│   ├── core.py        # 核心处理逻辑
│   ├── gui.py         # 图形用户界面相关代码
│   └── ...             # 其他功能模块
├── setup.py           # 安装脚本，用于设置和安装项目依赖
├── requirements.txt   # 项目所需的Python包列表
├── docs               # 文档目录，包括API文档和用户手册
│   ├── source         # Sphinx文档源码
│   └── _build         # 构建后的HTML文档存放位置
├── examples           # 示例数据或使用案例
├── tests              # 自动测试套件
│   └── test_bidscoin.py # 测试脚本示例
└── README.md          # 项目简介与快速入门指南

每个子目录和文件都有其特定作用，bidscoin目录包含了核心的转换逻辑，setup.py用于项目部署，而docs则提供了详细的用户文档。

2. 项目的启动文件介绍

在BIDScoin中，主要的启动通常不直接通过一个单独的“启动文件”完成，而是通过命令行接口或图形用户界面(GUI)。用户可以通过以下步骤开始使用：

命令行界面(CLI)

• 首先，确保Python环境已就绪，并安装BIDScoin。

  pip install bidscoin
  

• 运行BIDScoin命令来查看帮助信息或者开始转换过程。

  bidscoin --help
  

图形用户界面(GUI)

• 安装后，BIDScoin可能提供一个可执行文件或通过命令行指令启动GUI方式。
  • 若存在GUI启动脚本，它通常不在默认展示的目录结构中，但可通过安装后的程序菜单访问或按文档指示运行特定命令。

3. 项目的配置文件介绍

BIDScoin的配置通常涉及到bidsmap.yml或类似的映射文件，这是用来定义如何从原始数据类型转换到BIDS结构的关键文件。虽然具体的配置文件可能不是在项目根目录下直接提供的，但用户需要根据自己的数据结构创建或编辑这样一个文件。

• bidsmap.yml：此文件定义了数据转换规则，包括源数据路径、目标BIDS结构以及任何必要的映射逻辑。例如，它可能会指定哪些DICOM标签对应于BIDS中的哪个字段。

# 假想的bidsmap.yml示例
sources:
  - type: dicom
    path: /path/to/raw/dicom/data
    output_folder: derivatives
    mapping:
      subject:subj_id
      session:scan_date
      acquisition:ProtocolName
...

配置文件允许用户高度自定义转换过程，可以根据不同的研究需求进行调整。此外，BIDScoin可能支持插件系统，使得高级用户可以扩展配置，添加对特殊数据类型的处理规则。

请注意，实际操作中应参照最新文档和示例文件来正确配置和启动BIDScoin项目，以确保最佳的用户体验和数据转换准确性。

bidscoin BIDScoin converts your source-level neuroimaging data to BIDS 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/bidscoin