BIDScoin: 将您的影像数据转换为BIDS标准

BIDScoin: 将您的影像数据转换为BIDS标准

bidscoin BIDScoin converts your source-level neuroimaging data to BIDS 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/bidscoin

项目介绍

BIDScoin 是一个用户友好的 Python 应用套件，专为将原始（源级别）神经影像数据集转换成遵循脑成像数据结构（Brain Imaging Data Structure, BIDS）规范的标准数据集而设计。不同于依赖复杂的编程逻辑来识别源数据类型，BIDScoin采取映射方法来识别不同的源数据类型。它适用于处理包括DICOM、PAR/REC（Philips）、NIfTI等多种源数据格式，并且支持广泛的附加数据如生理日志、MR光谱等。本项目由拉德布德大学的Donders认知神经影像中心开发，旨在简化数据标准化过程。

项目快速启动

要快速开始使用BIDScoin，首先确保你的环境中安装了Python。接下来，通过以下步骤安装BIDScoin：

pip install bidscoin

一旦安装完成，你可以立即开始转化数据。基本的使用命令如下：

bidscoin -i path/to/rawdata -o path/to/outputdir

这里的-i指定了原始数据的路径，而-o是转换后的BIDS结构数据的存放位置。

应用案例和最佳实践

示例：将DICOM数据转换为BIDS格式

假设你有一个包含多个参与者DICOM数据的文件夹，最佳实践是先进行一次全面的数据检查，然后使用BIDScoin执行转换：

1. 数据预处理：组织好原始数据，每个参与者的数据应该在各自的子目录中。
2. 执行转换：

bidscoin -i /path/to/dicom/data -o /path/to/BIDSdataset --participant-label sub-01 sub-02

这个例子展示了如何仅对特定参与者（sub-01和sub-02）的数据进行转换。

最佳实践提示

• 在大规模数据转换前，在少量数据上测试配置以避免错误。
• 利用BIDScoin的插件系统定制化转换流程，适应特殊数据需求。

典型生态项目

虽然具体的“典型生态项目”通常指的是与BIDScoin集成或在其基础上扩展的其他工具，但在神经科学领域，任何利用BIDS格式作为其数据分析起点的项目都可视为BIDScoin生态的一部分。例如，使用BIDS Apps进行后续分析，这些应用程序设计来兼容BIDS结构的数据，从而直接利用BIDScoin产生的成果。结合FSL、AFNI或SPM等经典神经影像分析软件时，使用BIDScoin预处理能够确保数据的一致性和跨研究的可重复性。

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以上内容构成了使用BIDScoin的基本框架，对于更高级的用法、自定义插件开发以及详细的参数设置，请参考BIDScoin的官方GitHub仓库及配套文档。

bidscoin BIDScoin converts your source-level neuroimaging data to BIDS 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/bidscoin