fftool 使用教程

fftool 使用教程

fftoolTool to build force field input files for molecular simulation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ff/fftool

项目介绍

fftool 是一个用于构建分子动力学模拟的力场输入文件的 Python 工具。它支持分子、离子或扩展材料的分子动力学模拟，并创建用于经典固定电荷分子动力学模拟的初始文件。fftool 提供了一个离子液体力场数据库，并支持极化力场和模拟。

项目快速启动

安装

首先，克隆项目仓库到本地：

git clone https://github.com/paduagroup/fftool.git
cd fftool

使用示例

以下是一个简单的示例，展示如何使用 fftool 构建一个包含 40 个乙醇分子和 300 个水分子，密度为 38.0 mol/L 的模拟盒子：

fftool 40 ethanol zmat 300 spce zmat -r 38.0

或者，你可以指定模拟盒子的边长（以埃为单位）：

fftool 40 ethanol zmat 300 spce zmat -b 20.0

应用案例和最佳实践

案例一：离子液体模拟

fftool 提供了一个离子液体力场数据库，可以用于模拟离子液体系统。例如，使用 fftool 创建一个包含特定离子液体的模拟盒子，并进行分子动力学模拟。

案例二：极化力场模拟

对于需要极化力场的模拟，可以使用 CL&Pol 工具和数据库。fftool 支持与这些工具的集成，以便进行更复杂的模拟。

典型生态项目

OpenMM

OpenMM 是一个高性能的分子模拟框架，支持 GPU 加速。fftool 生成的力场文件可以与 OpenMM 集成，以进行高效的分子动力学模拟。

Packmol

Packmol 是一个用于构建初始分子配置的工具，fftool 生成的输入文件可以与 Packmol 结合使用，以生成包含多个分子的初始配置文件。

通过以上内容，你可以快速了解并开始使用 fftool 进行分子动力学模拟。

fftoolTool to build force field input files for molecular simulation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ff/fftool