fftool 开源项目教程

fftool 开源项目教程

fftoolTool to build force field input files for molecular simulation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ff/fftool

1. 项目的目录结构及介绍

fftool 项目的目录结构如下：

fftool/
├── examples/
├── ff2xml/
├── lattice/
├── xyztool/
├── LICENSE
├── README.md
└── fftool.py

• examples/: 包含示例文件，用于展示如何使用 fftool。
• ff2xml/: 包含将 force field 参数从原始格式转换为 XML 格式的脚本。
• lattice/: 包含与晶格相关的工具和文件。
• xyztool/: 包含处理 XYZ 格式文件的工具。
• LICENSE: 项目的许可证文件，采用 MIT 许可证。
• README.md: 项目的说明文档。
• fftool.py: 项目的主脚本文件，用于构建分子动力学模拟的输入文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 fftool.py。该文件是 fftool 的核心脚本，用于构建分子动力学模拟的输入文件。用户可以通过命令行调用该脚本，例如：

python fftool.py 40 ethanol zmat 300 spce zmat -r 38.0

该命令将创建一个包含 40 个乙醇分子和 300 个水分子，密度为 38.0 mol/L 的模拟盒子。

3. 项目的配置文件介绍

fftool 项目没有明确的配置文件，但用户可以通过命令行参数进行配置。例如，可以通过 -r 参数指定模拟盒子的密度，或者通过 -b 参数指定模拟盒子的边长。

示例命令：

python fftool.py 40 ethanol zmat 300 spce zmat -r 38.0

或者：

python fftool.py 40 ethanol zmat 300 spce zmat -b 20.0

这些参数可以在命令行中直接指定，无需额外的配置文件。

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以上是 fftool 开源项目的教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置方式。希望对您有所帮助！

fftoolTool to build force field input files for molecular simulation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ff/fftool