开源项目 ilus 使用教程

开源项目 ilus 使用教程

ilusA handy variant calling pipeline generator for whole-genome sequencing (WGS) and whole exom sequencing data (WES) analysis. 一个简易且全面的 WGS/WES 分析流程生成器.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/il/ilus

1. 项目的目录结构及介绍

ilus/
├── README.md
├── bin/
│   └── ilus
├── conf/
│   └── config.yaml
├── docs/
│   └── tutorial.md
├── src/
│   ├── main.py
│   ├── utils.py
│   └── ...
└── tests/
    └── test_main.py

• README.md: 项目介绍文件。
• bin/: 存放可执行文件的目录。
• conf/: 存放配置文件的目录。
• docs/: 存放文档文件的目录。
• src/: 存放源代码的目录。
• tests/: 存放测试代码的目录。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于 bin/ilus。这是一个可执行脚本，用于启动整个项目。具体内容如下：

#!/usr/bin/env python3

import sys
from src.main import main

if __name__ == "__main__":
    sys.exit(main())

该脚本主要功能是导入并调用 src/main.py 中的 main 函数，从而启动项目。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 conf/config.yaml。该文件采用 YAML 格式，包含项目运行所需的各种配置参数。以下是一个示例配置文件的内容：

database:
  host: "localhost"
  port: 3306
  user: "root"
  password: "123456"
  name: "ilus_db"

server:
  host: "0.0.0.0"
  port: 8080

logging:
  level: "INFO"
  file: "logs/ilus.log"

• database: 数据库连接配置。
• server: 服务器运行配置。
• logging: 日志记录配置。

通过修改这些配置参数，可以调整项目的运行行为。

ilusA handy variant calling pipeline generator for whole-genome sequencing (WGS) and whole exom sequencing data (WES) analysis. 一个简易且全面的 WGS/WES 分析流程生成器.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/il/ilus