LUNA16 开源项目使用教程

LUNA16 开源项目使用教程

luna16LUNA16 Lung Nodule Analysis - NWI-IMC037 Final Project 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/lu/luna16

1. 项目的目录结构及介绍

LUNA16 项目的目录结构如下:

luna16/
├── data/
│   ├── annotations.csv
│   ├── candidates.csv
│   ├── candidates_V2.csv
│   ├── evaluation_script/
│   ├── lung_segmentation/
│   └── additional_annotations.csv
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── src/
│   ├── main.py
│   ├── config.py
│   └── ...
├── tests/
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
└── README.md

目录介绍

  • data/: 包含项目所需的数据文件,如标注文件、候选位置文件、评估脚本和肺部分割数据。
  • docs/: 包含项目的文档文件,如 README 文件等。
  • src/: 包含项目的源代码文件,如主启动文件和配置文件。
  • tests/: 包含项目的测试代码文件。
  • .gitignore: 指定 Git 版本控制系统忽略的文件和目录。
  • LICENSE: 项目的许可证文件。
  • README.md: 项目的主 README 文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于 src/ 目录下,名为 main.py。该文件是项目的入口点,负责初始化配置、加载数据和启动主要逻辑。

main.py 文件内容概览

import config
from data_loader import load_data
from model import train_model

def main():
    # 加载配置
    cfg = config.load_config()
    
    # 加载数据
    data = load_data(cfg)
    
    # 训练模型
    model = train_model(data, cfg)
    
    # 其他逻辑...

if __name__ == "__main__":
    main()

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 src/ 目录下,名为 config.py。该文件负责定义项目的各种配置参数,如数据路径、模型参数等。

config.py 文件内容概览

import yaml

def load_config():
    with open('config.yaml', 'r') as f:
        config = yaml.safe_load(f)
    return config

# 其他配置相关函数...

配置文件示例 (config.yaml)

data_path: 'data/'
model_params:
  learning_rate: 0.001
  batch_size: 32
# 其他配置项...

以上是 LUNA16 开源项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这份教程能帮助你更好地理解和使用该项目。

luna16LUNA16 Lung Nodule Analysis - NWI-IMC037 Final Project 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/lu/luna16

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LUNA16是一个肺结节检测和分类的数据集,主要用于肺结节的研究和算法评估。在使用pytorch搭建分类网络进行疑似肺结节分类之前,需要进行样本集的生成。 生成样本集的步骤如下: 1. 安装cuda11.4和cudnn8.2.4,这是为了支持GPU加速计算。 2. 创建一个虚拟环境并安装Python 3.8。 3. 使用pip安装pytorch和相关的库,可以采用命令"pip install torch torchvision torchaudio --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu114"安装。 4. 下载nnDetection项目,并将LUNA16的数据文件夹存放在项目的"Task016_Luna/raw"目录下。 5. 运行预处理脚本"prepare.py",该脚本将LUNA16原始的.raw格式数据转换为.nii.gz格式,并根据annotations.csv中提供的结节信息构造结节的标签信息和mask数据。 6. 进行尺度归一化操作,确保样本的尺度一致。 以上是使用pytorch搭建LUNA16肺结节分类网络的准备工作,接下来可以根据需要进行深度学习模型的训练和评估。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [nnDetection复现Luna16 附模型](https://blog.csdn.net/qq_29304033/article/details/128140704)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [实战:使用Pytorch搭建分类网络(肺结节假阳性剔除)](https://blog.csdn.net/qq_24739717/article/details/101034728)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]
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