UKB_RAP 项目使用教程

UKB_RAP 项目使用教程

UKB_RAP Access share reviewed code & Jupyter Notebooks for use on the UK Biobank (UKBB) Research Application Platform. Includes resources from DNAnexus webinars, online trainings and workshops. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/uk/UKB_RAP

1. 项目的目录结构及介绍

UKB_RAP 项目的目录结构如下：

UKB_RAP/
├── GWAS/
├── Matlab/
├── WDL/
├── apps_workflows/
├── brain-age-model-blog-seminar/
├── docker_apps/
├── end_to_end_gwas_phewas/
├── format_conversion/
├── gwas_visualization/
├── intro_to_cloud_for_hpc/
├── pheno_data/
├── proteomics/
├── rstudio_demo/
├── .gitignore
├── LICENSE
└── README.md

目录介绍：

• GWAS/: 包含与全基因组关联分析（GWAS）相关的代码和资源。
• Matlab/: 包含使用 MATLAB 编写的代码和脚本。
• WDL/: 包含使用 WDL（Workflow Description Language）编写的代码和流程。
• apps_workflows/: 包含各种应用程序和工作流程的代码。
• brain-age-model-blog-seminar/: 包含与脑龄模型相关的代码和资源。
• docker_apps/: 包含使用 Docker 容器的应用程序代码。
• end_to_end_gwas_phewas/: 包含端到端的全基因组关联分析和表型关联分析的代码。
• format_conversion/: 包含数据格式转换的代码和工具。
• gwas_visualization/: 包含用于 GWAS 结果可视化的代码和工具。
• intro_to_cloud_for_hpc/: 包含云计算和 HPC（高性能计算）介绍的代码和资源。
• pheno_data/: 包含表型数据的代码和资源。
• proteomics/: 包含蛋白质组学相关的代码和资源。
• rstudio_demo/: 包含 RStudio 演示的代码和资源。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件和目录不需要被 Git 跟踪。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明文件。

2. 项目的启动文件介绍

在 UKB_RAP 项目中，启动文件通常位于各个子目录中，具体取决于项目的用途。例如，在 GWAS/ 目录中，可能会有一个启动脚本用于执行全基因组关联分析。

示例启动文件：

#!/bin/bash

# 启动 GWAS 分析
python GWAS/run_gwas.py

启动文件介绍：

• run_gwas.py: 这是一个 Python 脚本，用于启动全基因组关联分析。用户可以通过命令行运行此脚本，启动分析流程。

3. 项目的配置文件介绍

在 UKB_RAP 项目中，配置文件通常用于设置项目的参数和环境变量。配置文件的格式可以是 JSON、YAML 或 INI 等。

示例配置文件（config.json）：

{
  "data_path": "/path/to/data",
  "output_path": "/path/to/output",
  "num_threads": 4,
  "log_level": "INFO"
}

配置文件介绍：

• data_path: 指定输入数据的路径。
• output_path: 指定输出结果的路径。
• num_threads: 设置并行处理的线程数。
• log_level: 设置日志的详细程度，如 INFO、DEBUG 等。

通过配置文件，用户可以灵活地调整项目的运行参数，以适应不同的数据和计算环境。

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