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RSS订阅原创 使用参数回归模型进行四向分解的Stata命令：Med4way
Med4way 使用参数回归模型来估计在暴露可能与之相互作用的中间体存在下暴露对结果的总影响的四向分解的组成部分。这种分解将公开对结果的总体影响分解为以及的组件。Med4way 使用 delta 方法(默认)或 bootstrap 为估计的组件提供标准错误和置信区间。Med4way 允许连续、二进制、计数或生存结果，以及连续或二进制介质。
2024-07-10 15:01:53
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原创 W1D1 文献推送 2024-June
其中，双性恋参与者的差异最大，其次是女同性恋参与者。作者从FDA的成人替代终点表和MEDLINE数据库中检索相关文献，以寻找涉及非肿瘤慢性病治疗的临床试验的荟萃分析。在一个大部分同质的女护士样本中，被确定为女同性恋或双性恋的参与者在研究期间的死亡率明显较早。系统性地总结荟萃分析、系统评价和荟萃分析，以及临床试验汇总分析的证据，研究使用替代指标测量的治疗效果与非肿瘤性慢性病临床结果之间的关联强度。大多数在临床试验中用作主要终点的替代指标，缺乏与临床结果相关的高强度证据，这些结果来自已发表的荟萃分析。
2024-06-04 13:44:33
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原创 R Markdown
使用R markdown 能够让您只需关注内容创作，借助现成模板+ 少量自己定制，就可以一劳永逸。R 语言编程— 基于tidyverse。时间：2021-11-07。组织：哈尔滨商业大学。
2024-04-03 15:11:19
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原创 Word中使用Zotero插入文献
在文档中选好reference的位置， 点击【Add/Edit Bibliography】2.1 点击【Add/Edit Citation】2.2 在方条中输入文献，回车。
2024-04-02 09:45:08
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原创 如何做一个知识博主？ 行动
要根据目标想到所有的关键因素并列出所有的步骤和所有重要的细节。你的解决方案究竟将怎样应用?对所讲的问题认识全面，自信。没有阅历的思考也是无用的。需要想清楚这个事情成事。没有思考的阅历是无用的。的胜负手+关键因素？
2024-04-01 01:00:00
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原创 如何做一个知识博主？ 善用互联网检索
使用将要搜索的短语括起来，以便搜索结果中只包含该短语。例如，搜索 "人工智能" 将只返回包含该短语的页面。: 在搜索中使用减号 "-"可以排除特定词汇。例如，搜索 "苹果 -手机" 将返回关于苹果公司的结果，但不包括与手机相关的内容。: 使用 "site:" 操作符限制搜索结果来自特定网站。例如，搜索 "人工智能将只返回维基百科上关于人工智能的页面。: 在搜索结果中点击一个结果，然后在地址栏中删除URL的一部分，例如域名，以找到与该页面相关的其他页面。
2024-03-31 11:59:50
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原创 如何做一个知识博主？ 思考 + 提问
你可能感觉不舒服，但是你不会去解决，甚至都不觉得他是个问题。但是，受苦比解决问题来得容易。承受不幸比享受幸福来的简单。受苦只需要待在原地不动，但是解决问题却需要把屁股挪起来。这个问题的难度和预想完全不一样，问题进行到一半就放在这里。轮回几次，但终究没有解决。这样的行为模式导致差不多先生+差不多小姐，因为反正这个问题不解决也不会死。更富含技巧，问题中的所有主体？涉及到的主体，分别针对每个角色进行本质发问。当你开始描述的时候，可能就有思路了。就让问题在脑袋环绕，使自己处于僵化思维状态。理智脑：思考，力量最小。
2024-03-30 22:32:41
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原创 UKB数据下载+分析
数据下载分析的平台：UK Biobank Research Analysis Platform（简称RAP）依托于 DNAnexus 平台。
2024-03-29 07:55:11
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原创 英国生物银行研究者的责任与工作
研究人员必须始终遵守 MTA 中规定的义务。这些义务的一个重要部分是研究人员提交年度报告、发表研究结果并及时返回结果（见下文 B7 和 B8）。如果研究人员不这样做，那么他们获取额外数据、数据更新、访问资源的机会可能会直接受到损害。UK Biobank确实提醒研究人员他们的义务，但UK Biobank的观点是，合规、准时履行义务最终是研究人员的责任。研究人员（而不是英国生物银行）还有责任管理自己的研究项目，包括选择应使用的方法和统计方法。
2024-03-29 07:48:08
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原创 英国生物银行访问费
A5.1 UK Biobank 在成本回收的基础上向研究人员收取访问 UK Biobank 资源的费用 Costs A5.2 访问费于 2021 年 4 月 1 日修订，以反映资源中数据的范围和数量、服务应用程序的内部成本以及研究人员在批准的研究项目过程中对进一步数据或数据更新的请求. UK Biobank 保留不时修改这些费用的权利。 A5.3 访问费对所有数据应用程序都是标准化的。 样品和重新接触应用会产生额外的定制成本，具体取决于样品提取、处理、和行政负担，根据具体情况在成本回收
2024-03-29 07:14:57
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原创 英国生物银行研究者注册
UKB研究者注册简要教程 pdf 1. 注册网址：AMS - Sign up 2. 收到邮件之后，填写个人信息，提交UKB AMS - Log in (准备一个英文个人简历，不需要最新的简历，但是要有目前单位的信息) 3. 提交以后：官方说法（10天内回复申请者的注册信息）
2024-03-29 07:12:29
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原创 英国生物银行申请书书写内容
Application 书写内容 A1. Project title (200 characters): * A2. Research question(s) and aim(s) (up to 5000 characters or 200 words): A3. The background and scientific rationale of the proposed research project in general (up to 5000 characters or 300 word
2024-03-29 07:10:06
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原创 英国生物数据库的申请流程
为了访问资源，申请人 PI 必须填写并提交申请表（可在 AMS 内获得）给 UK Biobank。申请人 PI 还必须选择他们需要的数据。需要完成此应用程序，使双方都满意： i) UK Biobank Access Team，确保信息准确完整；和 ii) 英国生物样本库科学团队评估所提供的信息，以判断申请是否符合所需的访问标准。 C3.2 申请流程在英国生物银行网站上列出。该申请流程包括申请人 PI 向 UK Biobank 提供以下内容： i) 申请的简短摘要； ii) 从事申请工作的所
2024-03-29 07:07:10
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原创 【R包开发：包的组件】 第4章 包的元数据
为方便你开始， devtools::create("mypackage") 会自动添加一个描述文件框架。这让你可以开始进行包开发而无需担心元数据的问题，直到需要时才去关心它。
2024-03-24 11:24:03
257
原创 收集R包的系统依赖项——服务器安装R包 # 持续更新
1.openssl出现openssl配置失败的错误可能与缺少必要的系统依赖项有关2.magick。
2024-03-23 10:30:59
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原创 【R包开发：包的组件】 第 3 章 R 代码
在代码中点击函数名并按 F2按下 Ctrl+，然后输入函数的名字如何想回到原来的地方？编辑器左上方的回退箭头 或者按 Ctrl/Cmd+F93.3 代码风格强烈建议你使用一致的风格。当你与别人一起写代码时，这一点尤其重要。参考谷歌的 R 风格指南谢益辉的formatR包使得清理无格式的代码更加容易。它不能做所有的事情，但可以快速地使你乱糟糟的代码变得很漂亮。
2024-03-22 13:39:42
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原创 高维多元中介分析：另外8种方法
用基于似然的方法来计算中介主方向 (“principal directions of mediation” ，PDM)，它是加载权重，用于线性组合输入的中介以形成单个潜在变量，以替换分析中的原始中介。虽然 HDMM 不能用于估计全局中介效应或特定中介的贡献，但它仍然可以用于推断是否存在通过作为联合系统的中介集合发生的中介。适用于存在高维中介和一个或多个曝光时的中介设置。该函数返回直接效应、总效应和全局中介效应的估计值，最后一个效应用报告的 p 值检验统计显着性。
2024-03-10 10:14:35
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原创 多轨迹建模方法的介绍与实操-基于R语言
本文介绍了，这是一种扩展了单指标组基轨迹建模的技术，用于分析多个疾病生物标志物或临床重要因素的联合轨迹，以更好地理解和追踪疾病进程、行为或健康状态的变化。多轨迹建模利用有限混合模型，识别出遵循相似多指标轨迹的个体群体。这种方法克服了传统统计分析在处理多变量纵向数据时的局限性，允许同时分析多个相关指标。通过两个示例展示了该模型的实施过程和应用。
2024-03-08 14:43:55
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原创 高维中介数据：先介绍两种中介分析方法
该模型假设中介-结果关联 (βm) 和暴露中介关联 (αa) 独立遵循小方差和高方差正态分布的混合，并且如果中介 Mj 同时具有 (βm)j 和 (αa) j 属于较大方差分布，与其他分布相比，它具有显着较大的中介贡献。每个中介属于两个较大方差分布的后验包含概率 (PIP)，即下述分析的out$contributions$ab_pip, 它可以被理解为每个中介变量在同时具有显著的暴露-中介关联(αa)和中介-结果关联(βm)时的概率。
2024-03-06 14:41:53
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原创 组基轨迹建模 GBTM的介绍与实现（Stata 或 R）
组基轨迹建模（Group-Based Trajectory Modeling，GBTM）（旧名称：Semiparametric mixture model）历史：由DANIELS.NAGIN提出，发表文献《Analyzing Developmental Trajectories：A Semiparametric，Group-Based Approach》GBTM能够将一群人的轨迹分类并生成数个具有代表性的运动轨迹模型，然后对每个轨迹模型进行分析，以了解人们的运动特征、生理水平和风险等级等。
2024-03-05 09:08:32
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原创 高维中介数据： 联合显着性（JS）检验法
中介分析在流行病学和临床试验中越来越受到关注。在现有的中介分析方法中，流行的联合显着性（JS）检验会产生过于保守的 I 类错误率，因此功效较低。但是，如果在使用 JS 测试高维中介假设时，可以准确控制族错误率 (FWER) 和错误发现率 (FDR)。分析的核心是基于估计三个分量零假设的比例并推导的相应混合分布。
2024-03-04 10:28:02
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原创 高维中介数据：基于交替方向乘子法（ADMM）的高维度单模态中介模型的参数估计（入门+实操）
用于高维度单模态中介模型的参数估计，采用交替方向乘子法（ADMM）进行计算。该包提供了确独立筛选（SIS）功能来提高中介效应的敏感性和特异性，并支持Lasso、弹性网络、路径Lasso和网络约束惩罚等不同正则化方法。
2024-03-03 12:18:54
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原创 高维中介数据：基于贝叶斯推断的因果中介效应估计方法
该博客介绍一种基于贝叶斯推断的高维因果中介效应估计方法，适用于omics研究中的大量潜在中介变量分析。在贝叶斯框架下，利用扩展了传统的因果中介分析技术，以处理高维数据。这种方法提高了全局中介分析的统计功效，并能有效地识别对路径中介效应有贡献的非零中介变量。此外，它有助于理解无活性中介变量的复合零情况结构。
2024-03-02 17:13:15
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原创 Linux命令行与shell脚本编程大全-2.2
第11章构建基础脚本第12章结构化命令第13章更多的结构化命令第14章处理用户输入第15章呈现数据第16章脚本控制。
2024-03-02 00:00:00
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原创 Linux命令行与shell脚本编程大全-3-4
使用这种方法，无须在每条命令的末尾放置分号，只需按下回车键即可> }10可以直接在用户主目录的.bashrc 文件中定义函数，只需将函数放在文件末尾即可在默认情况下，sed 编辑器会将指定的命令应用于STDIN 输入流中。因此，可以直接将数据通过管道传入sed 编辑器进行处理。#接将数据通过管道传入sed 编辑器进行处理， 替换（s）命令,将big test 替换了test。
2024-03-01 01:00:00
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原创 R 贝叶斯输出分析和诊断MCMC：coda包——理论篇
例如，`thin=2`意味着保留每个偶数迭代的样本，而丢弃奇数迭代的样本，以此来减少数据量并可能减少样本间的相关性。在R的`mcmc`对象中，`thin`属性给出了两个连续采样值之间的这个间隔。默认情况下，在 R 中，如果 `dev.interactive()` 返回 `TRUE`，或者在 S-PLUS 中，如果 `interactive()` 返回 `TRUE`，那么将会询问用户。`auto.layout` 是一个布尔参数，如果设置为 `TRUE`，则会为绘图设置自己的布局；否则，将使用现有的布局。
2024-02-29 02:00:00
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原创 Linux命令行与shell脚本编程大全-2.1
用户自定义变量可以通过$引用/bin/bashdays=10在默认情况下，shell 脚本会以脚本中的最后一个命令的退出状态码退出可以改变这种默认行为，返回自己的退出状态码。exit 命令允许在脚本结束时指定一个退出状态码：1. 自定义参数或者2. 变量的数值，但是使用这个功能时要小心，因为退出状态码最大只能是255。# exit 命令允许在脚本结束时指定自定义参数作为退出状态码/bin/bashvar1=10var2=30exit 5。
2024-02-28 16:18:01
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原创 Linux命令行与shell脚本编程大全-1
bash shell 使用环境变量来存储shell 会话和工作环境的相关信息启动bash shell（或者执行shell 脚本）之后，就能创建仅对该shell 进程可见的局部用户自定义变量。
2024-02-27 15:53:53
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原创 贝叶斯核机器回归拓展R包：bkmrhat
2.1 包介绍提供了扩展bkmr包的贝叶斯核机器回归工具支持多链推断和诊断利用futurerstancoda包函数书写格式：as.mcmc()将bkmrfit对象转换为coda包的MCMC对象coda 包支持许多不同类型的单链 MCMC 诊断，包括 geweke.diag、traceplot 和 effectiveSize。还可以使用后总结，例如 HPDinterval 和summary.mcmc。用于进行单链MCMC诊断和后验概括。
2024-02-26 13:01:10
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原创 broom系列包: 整理模型输出结果
tidy、augment和glance函数的输出总是一个小tibble。输出从来没有行名。这确保了您可以将它与其他整洁的输出组合在一起，而不用担心丢失信息(因为R中的行名不能包含重复)。有些列名保持一致，这样它们就可以跨不同的模型进行组合。
2024-02-24 23:04:31
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原创 贝叶斯核机回归估计混合物健康效应 【BKMR】——理论篇
数据准备：首先，需要准备输入变量（特征）和输出变量（目标）。这些数据可以是连续型、离散型或二元型。决定核函数：为了处理非线性关系，BKMR使用核函数来转换输入变量。常用的核函数包括线性核、多项式核和径向基函数（RBF）核等。确定先验分布：在贝叶斯框架下，需要指定先验分布来表示模型参数的不确定性。常用的先验分布包括高斯分布、拉普拉斯分布和柯西分布等。模型构建：通过将输入变量通过核函数映射到高维空间，可以建立核机器回归模型。同时，通过贝叶斯推理方法来学习模型参数和预测后验分布。
2024-02-21 19:19:40
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