Indigo ELN v2.0 开源电子实验室笔记本使用教程

Indigo ELN v2.0 开源电子实验室笔记本使用教程

Indigo-ELN-v.-2.0 Indigo - The Open-Source Chemistry Electronic Lab Notebook Indigo-ELN-v.-2.0 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/in/Indigo-ELN-v.-2.0

1. 项目介绍

Indigo ELN v2.0 是一个开源的电子实验室笔记本(Electronic Lab Notebook, ELN),专为化学和生命科学领域的研究人员设计。它提供了一个现代化的平台,用于创建、存储、检索和共享化学信息,满足所有法律、监管、技术和科学要求。Indigo ELN v2.0 基于全新的技术栈,提供了新的界面和功能,同时保留了之前版本的所有功能。

主要特点

  • 开源免费:基于 GNU General Public License v3 发布,完全免费。
  • 现代化技术:基于 Web 的多层架构,支持现代技术栈。
  • 灵活集成:可以轻松集成外部服务和数据库,无需更改核心代码。
  • 自定义实验模板:支持创建和使用自定义实验模板,适应多种化学研究设计。
  • 强大的搜索功能:支持按属性、结构和反应方案搜索实验。

2. 项目快速启动

环境准备

  • 操作系统:支持 Linux、Windows 和 macOS。
  • 依赖项:Docker、MongoDB、Node.js。

安装步骤

  1. 克隆项目仓库

    git clone https://github.com/epam/Indigo-ELN-v.-2.0.git
    cd Indigo-ELN-v.-2.0
    
  2. 配置 Docker 环境

    docker-compose up -d
    
  3. 启动应用

    npm install
    npm start
    
  4. 访问应用: 打开浏览器,访问 http://localhost:3000

示例代码

以下是一个简单的实验创建示例:

{
  "experimentName": "Test Experiment",
  "description": "This is a test experiment.",
  "reagents": [
    {
      "name": "Reagent A",
      "amount": "100 mg"
    },
    {
      "name": "Reagent B",
      "amount": "50 ml"
    }
  ],
  "steps": [
    {
      "stepNumber": 1,
      "description": "Mix Reagent A and Reagent B."
    },
    {
      "stepNumber": 2,
      "description": "Heat the mixture to 50°C."
    }
  ]
}

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

  • 化学合成研究:使用 Indigo ELN 记录和管理化学合成实验,跟踪每一步的反应条件和产物。
  • 药物研发:在药物研发过程中,使用 Indigo ELN 记录药物分子的合成路径和生物活性测试结果。
  • 材料科学:记录新材料合成的实验数据,包括材料的结构、性能和应用测试。

最佳实践

  • 实验模板标准化:创建标准化的实验模板,确保实验记录的一致性和可重复性。
  • 数据备份:定期备份实验数据,防止数据丢失。
  • 权限管理:合理设置用户权限,确保敏感数据的安全性。

4. 典型生态项目

BingoDB

BingoDB 是一个开源的分子搜索服务,与 Indigo ELN 无缝集成,支持按结构和反应方案搜索实验。

Ketcher

Ketcher 是一个开源的化学结构编辑器,集成在 Indigo ELN 中,用于创建和编辑化学结构。

Indigo Toolkit

Indigo Toolkit 是一个开源的化学信息学引擎,提供化学结构渲染和属性计算功能。

通过这些生态项目的集成,Indigo ELN 成为一个功能强大的化学信息管理平台,满足各种研究需求。

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