Indigo ELN v2.0 开源电子实验室笔记本使用教程
1. 项目介绍
Indigo ELN v2.0 是一个开源的电子实验室笔记本(Electronic Lab Notebook, ELN),专为化学和生命科学领域的研究人员设计。它提供了一个现代化的平台,用于创建、存储、检索和共享化学信息,满足所有法律、监管、技术和科学要求。Indigo ELN v2.0 基于全新的技术栈,提供了新的界面和功能,同时保留了之前版本的所有功能。
主要特点
- 开源免费:基于 GNU General Public License v3 发布,完全免费。
- 现代化技术:基于 Web 的多层架构,支持现代技术栈。
- 灵活集成:可以轻松集成外部服务和数据库,无需更改核心代码。
- 自定义实验模板:支持创建和使用自定义实验模板,适应多种化学研究设计。
- 强大的搜索功能:支持按属性、结构和反应方案搜索实验。
2. 项目快速启动
环境准备
- 操作系统:支持 Linux、Windows 和 macOS。
- 依赖项:Docker、MongoDB、Node.js。
安装步骤
-
克隆项目仓库:
git clone https://github.com/epam/Indigo-ELN-v.-2.0.git cd Indigo-ELN-v.-2.0
-
配置 Docker 环境:
docker-compose up -d
-
启动应用:
npm install npm start
-
访问应用: 打开浏览器,访问
http://localhost:3000
。
示例代码
以下是一个简单的实验创建示例:
{
"experimentName": "Test Experiment",
"description": "This is a test experiment.",
"reagents": [
{
"name": "Reagent A",
"amount": "100 mg"
},
{
"name": "Reagent B",
"amount": "50 ml"
}
],
"steps": [
{
"stepNumber": 1,
"description": "Mix Reagent A and Reagent B."
},
{
"stepNumber": 2,
"description": "Heat the mixture to 50°C."
}
]
}
3. 应用案例和最佳实践
应用案例
- 化学合成研究:使用 Indigo ELN 记录和管理化学合成实验,跟踪每一步的反应条件和产物。
- 药物研发:在药物研发过程中,使用 Indigo ELN 记录药物分子的合成路径和生物活性测试结果。
- 材料科学:记录新材料合成的实验数据,包括材料的结构、性能和应用测试。
最佳实践
- 实验模板标准化:创建标准化的实验模板,确保实验记录的一致性和可重复性。
- 数据备份:定期备份实验数据,防止数据丢失。
- 权限管理:合理设置用户权限,确保敏感数据的安全性。
4. 典型生态项目
BingoDB
BingoDB 是一个开源的分子搜索服务,与 Indigo ELN 无缝集成,支持按结构和反应方案搜索实验。
Ketcher
Ketcher 是一个开源的化学结构编辑器,集成在 Indigo ELN 中,用于创建和编辑化学结构。
Indigo Toolkit
Indigo Toolkit 是一个开源的化学信息学引擎,提供化学结构渲染和属性计算功能。
通过这些生态项目的集成,Indigo ELN 成为一个功能强大的化学信息管理平台,满足各种研究需求。