GraphEmbedding 项目教程

GraphEmbedding 项目教程

GraphEmbeddingImplementation and experiments of graph embedding algorithms.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gr/GraphEmbedding

1. 项目目录结构及介绍

在 GraphEmbedding 项目中，目录结构大致如下：

GraphEmbedding/
├── data/               # 存放数据集
│   └── example.graph  # 示例图文件
├── src/                # 源代码
│   ├── algorithms/     # 包含各种图嵌入算法实现
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── ...          # 算法的具体文件
│   ├── utils/           # 工具函数
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── ...          # 辅助功能文件
│   └── main.py         # 主程序入口
└── README.md           # 项目说明文件

• data/: 包含项目的输入数据，例如图文件。
• src/: 存放项目的源代码，分为 algorithms/ 和 utils/ 两个子目录。
  • algorithms/: 实现了多种图嵌入算法，如 DeepWalk、Node2Vec 等。
  • utils/: 提供数据预处理、结果评估等辅助工具。
• main.py: 项目的主执行文件，调用不同算法进行图嵌入操作。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 src/main.py。通过运行这个文件，你可以加载数据、选择特定的图嵌入算法，并执行该算法。例子如下:

import sys
from src.algorithms import AlgorithmFactory
from src.utils.data_loader import load_graph

def main():
    graph_file = 'data/example.graph'  # 数据文件路径
    algo_name = 'DeepWalk'  # 图嵌入算法名
    # 其他参数，如步长、窗口大小等，可作为额外命令行参数传入
    
    graph = load_graph(graph_file)
    algo = AlgorithmFactory.create(algo_name)
    algo.embed(graph)  # 执行图嵌入

if __name__ == "__main__":
    main()

main.py 中的 load_graph() 函数用于从数据文件中加载图，然后创建对应的算法实例（这里假设有一个工厂模式的 AlgorithmFactory 类），最后调用 embed() 方法对图进行嵌入。

运行示例

要在终端中运行 main.py，你可以使用以下命令（假设你的虚拟环境已激活并安装所有依赖项）：

python src/main.py --graph_path data/example.graph --algorithm DeepWalk --other_args...

这里的 --other_args 是针对具体算法的参数，可以根据不同算法的文档添加。

3. 项目的配置文件介绍

项目本身并未提供一个标准的配置文件，但可以根据需求创建一个 JSON 或 YAML 文件来存储参数。例如，可以创建一个名为 config.yaml 的文件：

dataset:
  path: data/example.graph

embedding:
  algorithm: DeepWalk
  walk_length: 80
  num_walks: 10
  window_size: 5
  dimensions: 128
  workers: 4

然后，在 main.py 中读取配置文件，以动态设置参数：

import yaml
from src.utils.config_loader import load_config

def main():
    config_path = 'config.yaml'
    config = load_config(config_path)
    
    graph_file = config['dataset']['path']
    algo_name = config['embedding']['algorithm']
    # 将其他配置参数映射到相应的变量
    ...

# 加载配置的辅助函数
def load_config(file_path):
    with open(file_path, 'r') as f:
        return yaml.safe_load(f)

这样，可以通过修改配置文件而不是直接修改代码来调整算法的参数。请注意，实际项目可能需要进一步完善 load_config() 函数，以便处理更多复杂的配置结构。

GraphEmbeddingImplementation and experiments of graph embedding algorithms.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gr/GraphEmbedding