ConfGF 项目安装与使用教程

ConfGF 项目安装与使用教程

ConfGF Implementation of Learning Gradient Fields for Molecular Conformation Generation (ICML 2021). 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/ConfGF

1. 项目的目录结构及介绍

ConfGF/
├── assets/
├── confgf/
│   ├── config/
│   ├── script/
│   ├── LICENSE
│   ├── README.md
│   ├── env.yml
│   ├── setup.py

• assets/: 存放项目相关的静态资源文件。
• confgf/: 项目的主要代码目录，包含配置文件、脚本文件等。
  • config/: 存放项目的配置文件，如 qm9_default.yml、drugs_default.yml 等。
  • script/: 存放项目的脚本文件，如 gen.py、train.py 等。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的说明文档。
• env.yml: 项目的 Conda 环境配置文件。
• setup.py: 项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的主要启动文件位于 script/ 目录下，常用的启动文件包括：

• gen.py: 用于生成分子构象的脚本。可以通过命令行参数指定配置文件路径、生成器类型、起始和结束范围等。
• train.py: 用于训练模型的脚本。可以通过命令行参数指定配置文件路径。
• get_task1_results.py: 用于计算任务1结果的脚本，如计算 COV 和 MAT 分数。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要位于 config/ 目录下，常用的配置文件包括：

• qm9_default.yml: 用于 GEOM-QM9 数据集的默认配置文件。
• drugs_default.yml: 用于药物数据集的默认配置文件。
• iso17_default.yml: 用于 ISO17 数据集的默认配置文件。

配置文件中包含了模型训练和生成过程中所需的各项超参数设置，如生成器的类型、数据集路径、模型保存路径等。

示例配置文件内容

# qm9_default.yml
dataset:
  name: qm9
  path: /path/to/qm9_dataset
generator:
  type: ConfGF
  threshold: 0.5
model:
  save_dir: /path/to/save_model

通过修改配置文件中的参数，可以调整模型的行为和性能。

ConfGF Implementation of Learning Gradient Fields for Molecular Conformation Generation (ICML 2021). 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/ConfGF