TableOne 项目教程

TableOne 项目教程

tableone Create "Table 1" for research papers in Python 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tab/tableone

1. 项目介绍

TableOne 是一个用于创建研究论文中“表1”（Table 1）的 Python 包。它能够生成描述患者群体基线特征的统计表格，这在医学研究中非常常见。TableOne 的灵感来自于同名的 R 包，旨在简化研究人员在 Python 环境中生成这类表格的过程。

TableOne 支持多种数据类型（如分类变量和连续变量），并提供了多种输出格式（如文本、LaTeX、Markdown 等）。此外，它还支持计算 p 值、调整多重检验（如 Bonferroni 校正）以及计算标准化均值差异（SMDs）。

2. 项目快速启动

安装 TableOne

你可以使用 pip 或 conda 来安装 TableOne：

pip install tableone

或者

conda install -c conda-forge tableone

快速使用示例

以下是一个简单的使用示例，展示如何使用 TableOne 生成一个基线特征表：

from tableone import TableOne
from tableone.datasets import load_dataset
import pandas as pd

# 加载示例数据
data = load_dataset('pn2012')

# 定义需要包含在表1中的列
columns = ['Age', 'SysABP', 'Height', 'Weight', 'ICU', 'death']

# 定义分类变量
categorical = ['ICU', 'death']

# 定义连续变量
continuous = ['Age', 'SysABP', 'Height', 'Weight']

# 定义分组变量
groupby = 'death'

# 定义非正态分布的变量
nonnormal = ['Age']

# 定义替代标签
rename = {'death': 'mortality'}

# 创建 TableOne 实例
mytable = TableOne(data, columns=columns, categorical=categorical, continuous=continuous,
                   groupby=groupby, nonnormal=nonnormal, rename=rename, pval=False)

# 显示表格
print(mytable.tabulate(tablefmt="fancy_grid"))

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

TableOne 广泛应用于医学研究中，特别是在需要描述患者基线特征的场景。例如，在临床试验中，研究人员可以使用 TableOne 生成一个包含患者年龄、性别、疾病状态等信息的表格，以便更好地理解研究群体的特征。

最佳实践

1. 数据清洗：在使用 TableOne 之前，确保数据已经过适当的清洗和预处理，以避免生成不准确的统计信息。
2. 变量选择：根据研究需求选择合适的变量进行统计分析，避免包含无关变量。
3. 分组分析：如果需要比较不同组之间的差异，可以使用 groupby 参数进行分组分析，并计算相应的 p 值。
4. 可视化：虽然 TableOne 主要用于生成表格，但建议结合其他可视化工具（如 Matplotlib 或 Seaborn）来进一步分析数据。

4. 典型生态项目

TableOne 作为一个专注于生成基线特征表的工具，通常与其他数据分析和可视化工具结合使用。以下是一些典型的生态项目：

• Pandas：用于数据加载和预处理。
• Matplotlib/Seaborn：用于数据可视化。
• SciPy/StatsModels：用于更复杂的统计分析。
• Jupyter Notebook：用于交互式数据分析和文档编写。

通过结合这些工具，研究人员可以更全面地分析和展示数据，从而提高研究的可信度和可重复性。

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