MolBERT：基于BERT的分子表示学习方法

MolBERT：基于BERT的分子表示学习方法

MolBERT 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/MolBERT

1. 项目介绍

MolBERT 是一个先进的分子表征学习工具，它采用了基于现代语言模型 BERT 的架构。该方法详尽阐述于论文“Molecular representation learning with language models and domain-relevant auxiliary tasks”，该论文在 NeurIPS 2020 的 Machine Learning for Molecules 工作坊中发表。这个项目由 Benedek Fabian 等人完成，它展示了如何利用语言模型结合化学领域的辅助任务来提升分子表征的质量，并且在基准数据集上达到了州际艺术水平。

2. 项目快速启动

首先，你需要创建一个名为 molbert 的 Conda 虚拟环境并安装必要的依赖：

conda create -y -q -n molbert -c rdkit rdkit=2019.03.1 python=3.7.3
conda activate molbert
pip install -e .

安装完成后，你可以通过运行以下命令来验证安装是否成功：

python -m pytest -p no:warnings

要加载预训练模型，从这里下载预训练权重文件，然后参照 scripts/featurize.py 修改脚本中的路径以使用该模型。

3. 应用案例和最佳实践

使用预训练模型进行特征提取：

假设已经下载了预训练模型，修改 scripts/featurize.py 中的模型路径，可以将分子SMILES转换成特征向量。例如：

# 示例代码片段
from molbert import get_featurizer
featurizer = get_featurizer(pretrained_model_path='path/to/your/pretrained/model')
features = featurizer.smiles_to_features(smiles)

训练新模型（从头开始）:

使用 guacamol 数据集，可以这样开始训练新的 MolBERT 模型：

python molbert/apps/smiles.py \
    --train_file data/guacamol_baselines/guacamol_v1_train.smiles \
    --valid_file data/guacamol_baselines/guacamol_v1_valid.smiles \
    ...

4. 典型生态项目

虽然直接提到的“典型生态项目”在上述引用中未详细展开，MolBERT因其在化学领域独特的应用潜力成为研究和工业应用中的重要工具。开发者和研究人员通常结合 MolBERT 进行药物发现、化学反应预测、分子属性预测等任务。社区成员可能会开发相关的工作流集成，如自动化分子设计流程或者与其他数据分析工具的结合，但具体实例需通过社区论坛或案例分享获得，这并非直接在项目仓库文档中提供。

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以上内容为你提供了关于MolBERT的基本操作指南，包括设置环境、验证安装、模型的应用以及如何从头开始训练模型。对于更深入的使用场景和特定生态项目的探索，建议参与项目讨论区，关注社区贡献者分享的最佳实践。

MolBERT 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/MolBERT