CellOT 开源项目教程

CellOT 开源项目教程

cellotLearning Single-Cell Perturbation Responses using Neural Optimal Transport项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellot

1、项目介绍

CellOT 是一个用于学习单细胞扰动响应的神经最优传输方法。该项目通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重蛋白成像技术预测单细胞药物响应。CellOT 不仅在已知设置中表现出色，还能推广到未见过的设置中，例如预测未接触过IFN-beta的狼疮患者的scRNA-seq响应，以及建模不同亚群的造血发育轨迹。

2、项目快速启动

环境设置

首先，设置conda环境并激活：

conda create --name cellot python=3.9.5
conda activate cellot
conda update -n base -c defaults conda
pip install --upgrade pip

安装依赖

安装项目所需的要求和依赖：

pip install -r requirements.txt

安装CellOT

运行以下命令安装CellOT：

python setup.py install

3、应用案例和最佳实践

案例1：预测单细胞药物响应

使用CellOT预测单细胞药物响应的示例代码：

import cellot
# 加载数据
data = cellot.load_data('path_to_data')
# 预测响应
predictions = cellot.predict(data)

案例2：建模造血发育轨迹

使用CellOT建模造血发育轨迹的示例代码：

import cellot
# 加载数据
data = cellot.load_data('path_to_hematopoietic_data')
# 建模发育轨迹
trajectory = cellot.model_trajectory(data)

4、典型生态项目

相关项目1：scRNA-seq数据处理工具

• 项目名称：Scanpy
• 项目链接：https://github.com/scverse/scanpy
• 项目介绍：Scanpy 是一个用于分析单细胞RNA测序数据的Python库，广泛用于单细胞数据的预处理、可视化和分析。

相关项目2：多重蛋白成像技术

• 项目名称：ImJoy
• 项目链接：https://github.com/imjoy-team/imjoy-core
• 项目介绍：ImJoy 是一个用于生物图像分析的开源平台，支持多重蛋白成像技术的数据处理和分析。

通过结合这些生态项目，可以更全面地处理和分析单细胞数据，从而提高CellOT的应用效果和研究深度。

cellotLearning Single-Cell Perturbation Responses using Neural Optimal Transport项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellot