Racon 开源项目教程

Racon 开源项目教程

raconUltrafast consensus module for raw de novo genome assembly of long uncorrected reads. http://genome.cshlp.org/content/early/2017/01/18/gr.214270.116 Note: This was the original repository which will no longer be officially maintained. Please use the new official repository here:项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ra/racon

1、项目介绍

Racon 是一个独立的共识模块，旨在通过快速组装方法（不包括共识步骤）生成的原始 contigs 进行校正。Racon 的目标是生成与采用错误校正和共识步骤的组装方法输出质量相似或更好的基因组共识，同时提供比这些方法快几倍的速度。Racon 支持由 Pacific Biosciences 和 Oxford Nanopore Technologies 生产的数据，并且可以作为组装后的抛光工具使用。

2、项目快速启动

安装

首先，克隆 Racon 仓库并进行安装：

git clone --recursive https://github.com/lbcb-sci/racon.git
cd racon
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
make

安装成功后，可执行文件 racon 将出现在 build/bin 目录中。

使用

Racon 的基本使用方法如下：

racon [options] <sequences> <overlaps> <target sequences>

• <sequences>: 用于校正的序列文件，格式为 FASTA/FASTQ（可以压缩为 gzip）。
• <overlaps>: 序列与目标序列之间的重叠文件，格式为 MHAP/PAF/SAM（可以压缩为 gzip）。
• <target sequences>: 将被校正的目标序列文件，格式为 FASTA/FASTQ（可以压缩为 gzip）。

3、应用案例和最佳实践

案例一：基因组组装后抛光

假设你已经完成了一个基因组的组装，生成了 contigs 文件 contigs.fasta，并且有 reads 文件 reads.fastq 和它们之间的重叠文件 overlaps.paf，你可以使用 Racon 进行抛光：

racon reads.fastq overlaps.paf contigs.fasta > polished_contigs.fasta

案例二：读取错误校正

Racon 也可以用作读取错误校正工具。在这种情况下，MHAP/PAF/SAM 文件需要包含读取之间的成对重叠，包括双重重叠。

racon reads.fastq overlaps.paf reads.fastq > corrected_reads.fasta

4、典型生态项目

Racon 通常与其他基因组组装和分析工具一起使用，例如：

• Minimap2: 用于生成 reads 和 contigs 之间的重叠文件。
• Canu: 一个用于第三代测序数据的组装工具。
• Pilon: 一个用于基因组抛光的工具，通常在 Racon 之后使用以进一步提高质量。

这些工具共同构成了一个强大的基因组组装和校正生态系统，适用于各种测序数据和应用场景。

raconUltrafast consensus module for raw de novo genome assembly of long uncorrected reads. http://genome.cshlp.org/content/early/2017/01/18/gr.214270.116 Note: This was the original repository which will no longer be officially maintained. Please use the new official repository here:项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ra/racon