Bonito 开源项目教程

Bonito 开源项目教程

bonito A PyTorch Basecaller for Oxford Nanopore Reads 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bon/bonito

1. 项目介绍

Bonito 是一个基于 PyTorch 的开源研究型 basecaller，专门用于 Oxford Nanopore 读取数据的处理。Basecaller 是测序数据处理中的关键步骤，它将原始的测序信号转换为 DNA 或 RNA 序列。Bonito 提供了灵活的平台，支持用户训练和开发自己的 basecalling 模型。

主要特点

• PyTorch 实现：利用 PyTorch 的强大功能进行模型训练和推理。
• 自动模型下载：首次使用时自动下载并缓存 basecalling 模型。
• 支持多种输出格式：支持输出 fastq、sam、bam、cram 等格式。
• Transformer 模型：支持 Transformer 模型，需要手动安装 flash-attn。
• 修改基调用：通过 Remora 支持修改基调用。

2. 项目快速启动

安装 Bonito

首先，确保你已经安装了 Python 3.7 或更高版本。然后按照以下步骤安装 Bonito：

# 克隆项目仓库
git clone https://github.com/nanoporetech/bonito.git
cd bonito

# 创建虚拟环境
python3 -m venv venv3
source venv3/bin/activate

# 升级 pip 并安装 Bonito
pip install --upgrade pip
pip install -e .

使用 Bonito 进行 Basecalling

安装完成后，你可以使用 Bonito 进行 basecalling。以下是一个简单的示例：

# 使用默认模型进行 basecalling
bonito basecaller dna_r10.4.1_e8.2_400bps_hac@v5.0.0 /data/reads > basecalls.bam

下载模型

如果你需要下载其他模型，可以使用以下命令：

# 显示所有可用模型
bonito download --models --show

# 下载所有可用模型
bonito download --models

3. 应用案例和最佳实践

案例1：使用 Bonito 进行基因组测序数据处理

假设你有一批 Oxford Nanopore 测序数据，你可以使用 Bonito 进行 basecalling，并将结果输出为 BAM 文件，以便进一步分析。

bonito basecaller dna_r10.4.1_e8.2_400bps_hac@v5.0.0 /data/reads > basecalls.bam

案例2：训练自定义模型

如果你有特定的测序数据集，并且希望训练一个自定义的 basecalling 模型，可以按照以下步骤进行：

1. 准备数据：使用 --save-ctc 标志进行 basecalling，并将结果保存到指定目录。
2. 训练模型：使用 bonito train 命令训练模型。

# 准备数据
bonito basecaller dna_r10.4.1_e8.2_400bps_hac@v5.0.0 --save-ctc --reference reference.mmi /data/reads > /data/training/ctc-data/basecalls.sam

# 训练模型
bonito train --directory /data/training/ctc-data /data/training/model-dir

4. 典型生态项目

1. Dorado

Dorado 是 Oxford Nanopore Technologies 官方推荐的 basecaller，适用于大多数生产环境。Bonito 主要用于研究和方法开发，而 Dorado 则更适合实际应用。

2. Remora

Remora 是一个用于修改基调用的工具，与 Bonito 结合使用可以实现更复杂的测序数据处理。

3. MinKNOW

MinKNOW 是 Oxford Nanopore Technologies 的测序软件，支持与 Bonito 集成，用于实时测序数据的处理和分析。

通过这些生态项目的结合，Bonito 可以更好地服务于基因组学研究和应用。

bonito A PyTorch Basecaller for Oxford Nanopore Reads 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bon/bonito