Exomiser 开源项目教程
1. 项目的目录结构及介绍
Exomiser 项目的目录结构如下:
Exomiser/
├── exomiser-cli/
│ ├── src/
│ │ ├── main/
│ │ │ ├── java/
│ │ │ └── resources/
│ │ └── test/
│ │ ├── java/
│ │ └── resources/
│ └── pom.xml
├── exomiser-core/
│ ├── src/
│ │ ├── main/
│ │ │ ├── java/
│ │ │ └── resources/
│ │ └── test/
│ │ ├── java/
│ │ └── resources/
│ └── pom.xml
├── exomiser-data-vep-95/
│ ├── src/
│ │ ├── main/
│ │ │ ├── java/
│ │ │ └── resources/
│ │ └── test/
│ │ ├── java/
│ │ └── resources/
│ └── pom.xml
├── exomiser-db-data/
│ ├── src/
│ │ ├── main/
│ │ │ ├── java/
│ │ │ └── resources/
│ │ └── test/
│ │ ├── java/
│ │ └── resources/
│ └── pom.xml
├── exomiser-db-phenotype/
│ ├── src/
│ │ ├── main/
│ │ │ ├── java/
│ │ │ └── resources/
│ │ └── test/
│ │ ├── java/
│ │ └── resources/
│ └── pom.xml
├── exomiser-rest-api/
│ ├── src/
│ │ ├── main/
│ │ │ ├── java/
│ │ │ └── resources/
│ │ └── test/
│ │ ├── java/
│ │ └── resources/
│ └── pom.xml
├── exomiser-webapp/
│ ├── src/
│ │ ├── main/
│ │ │ ├── java/
│ │ │ └── resources/
│ │ └── test/
│ │ ├── java/
│ │ └── resources/
│ └── pom.xml
├── pom.xml
└── README.md
目录结构介绍
exomiser-cli/
: 包含命令行接口的源代码和资源文件。exomiser-core/
: 包含核心功能的源代码和资源文件。exomiser-data-vep-95/
: 包含 VEP 95 数据处理的源代码和资源文件。exomiser-db-data/
: 包含数据库数据的源代码和资源文件。exomiser-db-phenotype/
: 包含表型数据库的源代码和资源文件。exomiser-rest-api/
: 包含 REST API 的源代码和资源文件。exomiser-webapp/
: 包含 Web 应用的源代码和资源文件。pom.xml
: Maven 项目配置文件。README.md
: 项目说明文档。
2. 项目的启动文件介绍
Exomiser 项目的启动文件主要位于 exomiser-cli/src/main/java/org/monarchinitiative/exomiser/cli/Main.java
。这个文件是 Exomiser 命令行接口的入口点。
启动文件介绍
Main.java
: 包含主方法public static void main(String[] args)
,负责解析命令行参数并启动 Exomiser 分析流程。
3. 项目的配置文件介绍
Exomiser 项目的配置文件主要位于 exomiser-cli/src/main/resources/application.properties
。这个文件包含了 Exomiser 运行所需的各种配置参数。
配置文件介绍
application.properties
: 包含数据库连接信息、数据目录路径、分析参数等配置项。
例如:
exomiser.data-directory=/path/to/data
exomiser.phenotype.data-version=v18.04
exomiser.analysis.output-prefix=exom