Exomiser 开源项目教程

Exomiser 开源项目教程

ExomiserA Tool to Annotate and Prioritize Exome Variants项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ex/Exomiser

1. 项目的目录结构及介绍

Exomiser 项目的目录结构如下：

Exomiser/
├── exomiser-cli/
│   ├── src/
│   │   ├── main/
│   │   │   ├── java/
│   │   │   └── resources/
│   │   └── test/
│   │       ├── java/
│   │       └── resources/
│   └── pom.xml
├── exomiser-core/
│   ├── src/
│   │   ├── main/
│   │   │   ├── java/
│   │   │   └── resources/
│   │   └── test/
│   │       ├── java/
│   │       └── resources/
│   └── pom.xml
├── exomiser-data-vep-95/
│   ├── src/
│   │   ├── main/
│   │   │   ├── java/
│   │   │   └── resources/
│   │   └── test/
│   │       ├── java/
│   │       └── resources/
│   └── pom.xml
├── exomiser-db-data/
│   ├── src/
│   │   ├── main/
│   │   │   ├── java/
│   │   │   └── resources/
│   │   └── test/
│   │       ├── java/
│   │       └── resources/
│   └── pom.xml
├── exomiser-db-phenotype/
│   ├── src/
│   │   ├── main/
│   │   │   ├── java/
│   │   │   └── resources/
│   │   └── test/
│   │       ├── java/
│   │       └── resources/
│   └── pom.xml
├── exomiser-rest-api/
│   ├── src/
│   │   ├── main/
│   │   │   ├── java/
│   │   │   └── resources/
│   │   └── test/
│   │       ├── java/
│   │       └── resources/
│   └── pom.xml
├── exomiser-webapp/
│   ├── src/
│   │   ├── main/
│   │   │   ├── java/
│   │   │   └── resources/
│   │   └── test/
│   │       ├── java/
│   │       └── resources/
│   └── pom.xml
├── pom.xml
└── README.md

目录结构介绍

• exomiser-cli/: 包含命令行接口的源代码和资源文件。
• exomiser-core/: 包含核心功能的源代码和资源文件。
• exomiser-data-vep-95/: 包含 VEP 95 数据处理的源代码和资源文件。
• exomiser-db-data/: 包含数据库数据的源代码和资源文件。
• exomiser-db-phenotype/: 包含表型数据库的源代码和资源文件。
• exomiser-rest-api/: 包含 REST API 的源代码和资源文件。
• exomiser-webapp/: 包含 Web 应用的源代码和资源文件。
• pom.xml: Maven 项目配置文件。
• README.md: 项目说明文档。

2. 项目的启动文件介绍

Exomiser 项目的启动文件主要位于 exomiser-cli/src/main/java/org/monarchinitiative/exomiser/cli/Main.java。这个文件是 Exomiser 命令行接口的入口点。

启动文件介绍

• Main.java: 包含主方法 public static void main(String[] args)，负责解析命令行参数并启动 Exomiser 分析流程。

3. 项目的配置文件介绍

Exomiser 项目的配置文件主要位于 exomiser-cli/src/main/resources/application.properties。这个文件包含了 Exomiser 运行所需的各种配置参数。

配置文件介绍

• application.properties: 包含数据库连接信息、数据目录路径、分析参数等配置项。

例如：

exomiser.data-directory=/path/to/data
exomiser.phenotype.data-version=v18.04
exomiser.analysis.output-prefix=exom

ExomiserA Tool to Annotate and Prioritize Exome Variants项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ex/Exomiser