BrainGlobe Atlas API 项目教程

BrainGlobe Atlas API 项目教程

brainglobe-atlasapi A lightweight python module to interact with atlases for systems neuroscience 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/br/brainglobe-atlasapi

1. 项目的目录结构及介绍

BrainGlobe Atlas API 项目的目录结构如下：

brainglobe-atlasapi/
├── brainglobe_atlasapi/
│   ├── __init__.py
│   ├── atlas.py
│   ├── utils.py
│   └── ...
├── tests/
│   ├── test_atlas.py
│   ├── test_utils.py
│   └── ...
├── tutorials/
│   ├── tutorial_1.ipynb
│   ├── tutorial_2.ipynb
│   └── ...
├── .gitignore
├── .pre-commit-config.yaml
├── CITATION.cff
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── pyproject.toml
└── ...

目录结构介绍

• brainglobe_atlasapi/: 包含项目的主要代码文件，如 __init__.py, atlas.py, utils.py 等。
• tests/: 包含项目的测试文件，如 test_atlas.py, test_utils.py 等。
• tutorials/: 包含项目的教程文件，如 tutorial_1.ipynb, tutorial_2.ipynb 等。
• .gitignore: 指定 Git 忽略的文件和目录。
• .pre-commit-config.yaml: 配置预提交钩子。
• CITATION.cff: 项目的引用信息。
• LICENSE: 项目的许可证。
• MANIFEST.in: 指定打包时包含的文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• pyproject.toml: 项目的配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

BrainGlobe Atlas API 项目的启动文件主要是 brainglobe_atlasapi/__init__.py。这个文件负责初始化项目并导入必要的模块。

__init__.py 文件内容

from .atlas import BrainGlobeAtlas
from .utils import show_atlases

__all__ = ['BrainGlobeAtlas', 'show_atlases']

启动文件介绍

• BrainGlobeAtlas: 这是项目的主要类，用于创建和管理脑图谱对象。
• show_atlases: 这是一个实用函数，用于显示可用的脑图谱列表。

3. 项目的配置文件介绍

BrainGlobe Atlas API 项目的配置文件主要是 pyproject.toml。这个文件用于配置项目的构建系统和依赖项。

pyproject.toml 文件内容

[build-system]
requires = ["setuptools>=42", "wheel"]
build-backend = "setuptools.build_meta"

[project]
name = "brainglobe-atlasapi"
version = "0.1.0"
description = "A common interface for neuroanatomical atlases"
authors = [
    { name="F. Claudi", email="f.claudi@ucl.ac.uk" },
    { name="L. Petrucco", email="l.petrucco@ucl.ac.uk" },
    { name="A. L. Tyson", email="a.tyson@ucl.ac.uk" },
    { name="T. Branco", email="t.branco@ucl.ac.uk" },
    { name="T. W. Margrie", email="t.margrie@ucl.ac.uk" },
    { name="R. Portugues", email="r.portugues@ucl.ac.uk" }
]
dependencies = [
    "numpy>=1.18.0",
    "scipy>=1.4.0",
    "matplotlib>=3.1.0",
    "pandas>=1.0.0"
]

配置文件介绍

• build-system: 指定构建系统的要求和后端。
• project: 包含项目的基本信息，如名称、版本、描述、作者和依赖项。

通过以上内容，您可以了解 BrainGlobe Atlas API 项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本信息。

brainglobe-atlasapi A lightweight python module to interact with atlases for systems neuroscience 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/br/brainglobe-atlasapi