matchms 项目使用教程

matchms 项目使用教程

matchmsPython library for processing (tandem) mass spectrometry data and for computing spectral similarities.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/matchms

项目目录结构及介绍

matchms 项目的目录结构如下：

matchms/
├── integration-tests/
├── matchms/
│   ├── paper/
│   ├── readthedocs/
│   ├── tests/
│   ├── .editorconfig
│   ├── .gitignore
│   ├── prospector.yml
│   ├── readthedocs.yml
│   ├── zenodo.json
│   ├── CHANGELOG.md
│   ├── CITATION.cff
│   ├── CODE_OF_CONDUCT.rst
│   ├── CONTRIBUTING.md
│   ├── LICENSE
│   ├── MANIFEST.in
│   ├── README.rst
│   ├── poetry.toml
│   ├── pyproject.toml
│   └── sonar-project.properties

主要目录和文件介绍

• integration-tests/: 集成测试目录。
• matchms/: 项目源代码目录。
• paper/: 项目相关论文资料。
• readthedocs/: 文档生成配置。
• tests/: 单元测试目录。
• .editorconfig: 编辑器配置文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• prospector.yml: 代码质量检查配置。
• readthedocs.yml: 文档生成配置。
• zenodo.json: Zenodo 元数据文件。
• CHANGELOG.md: 变更日志。
• CITATION.cff: 引用信息。
• CODE_OF_CONDUCT.rst: 行为准则。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• LICENSE: 许可证文件。
• MANIFEST.in: 打包清单。
• README.rst: 项目说明文档。
• poetry.toml: Poetry 配置文件。
• pyproject.toml: 项目配置文件。
• sonar-project.properties: SonarQube 配置文件。

项目启动文件介绍

matchms 项目的启动文件位于 matchms/ 目录下，主要包括以下模块：

• __init__.py: 包初始化文件。
• pipeline.py: 数据处理流水线模块。
• metadata.py: 元数据处理模块。
• fragments.py: 碎片数据处理模块。

主要启动文件介绍

• __init__.py: 初始化 matchms 包，导入必要的模块和函数。
• pipeline.py: 定义数据处理流水线，包括数据导入、处理和运行等步骤。
• metadata.py: 提供元数据处理功能，包括元数据的获取、设置和验证等。
• fragments.py: 处理质谱数据中的碎片信息，包括碎片的 mz 值和强度等。

项目配置文件介绍

matchms 项目的配置文件主要包括以下几个：

• pyproject.toml: 项目的主要配置文件，包含项目依赖、构建工具等信息。
• poetry.toml: Poetry 工具的配置文件。
• prospector.yml: 代码质量检查工具 Prospector 的配置文件。
• readthedocs.yml: 文档生成工具 Read the Docs 的配置文件。
• sonar-project.properties: SonarQube 代码质量分析工具的配置文件。

主要配置文件介绍

• pyproject.toml: 定义项目的构建系统、依赖和其他配置信息。
• poetry.toml: 配置 Poetry 工具，管理项目的依赖和虚拟环境。
• prospector.yml: 配置 Prospector 工具，进行代码质量检查。
• readthedocs.yml: 配置 Read the Docs 工具，生成和部署项目文档。
• sonar-project.properties: 配置 SonarQube 工具，进行代码质量分析和报告。

以上是 matchms 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 matchms 项目。

matchmsPython library for processing (tandem) mass spectrometry data and for computing spectral similarities.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/matchms