matchms 开源项目教程

matchms 开源项目教程

matchmsPython library for processing (tandem) mass spectrometry data and for computing spectral similarities.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/matchms

项目介绍

matchms 是一个多功能的开源 Python 包，专门用于导入、处理、清洁和比较质谱数据（MS/MS）。它支持多种流行的质谱数据格式，包括 mzML、mzXML、msp、metabolomics-USI、MGF 和 JSON。matchms 提供了一系列工具用于元数据清洁和验证，以及基本的峰值过滤，确保数据的准确性和完整性。

项目快速启动

安装

我们推荐使用 Anaconda 安装 matchms，以避免依赖冲突。以下是安装步骤：

# 创建一个新的虚拟环境
conda create --name matchms python=3.8
conda activate matchms
# 从 Anaconda Cloud 安装 matchms
conda install --channel bioconda --channel conda-forge matchms

或者，您也可以使用 pip 安装：

pip install matchms

基本使用

以下是一个简单的示例，展示如何使用 matchms 导入和处理质谱数据：

from matchms import calculate_scores
from matchms.importing import load_from_json

# 导入质谱数据
spectrums = load_from_json("path_to_your_file.json")

# 计算相似度得分
scores = calculate_scores(spectrums, spectrums, "CosineGreedy")

# 打印结果
for score in scores:
    print(score)

应用案例和最佳实践

数据清洁和处理

matchms 提供了多种过滤器用于元数据清洁和基本峰值过滤。以下是一个示例，展示如何使用这些过滤器：

from matchms.filtering import default_filters
from matchms.importing import load_from_json

# 导入质谱数据
spectrums = load_from_json("path_to_your_file.json")

# 应用默认过滤器
cleaned_spectrums = [default_filters(s) for s in spectrums]

# 打印清洁后的数据
for spectrum in cleaned_spectrums:
    print(spectrum.metadata)

相似度比较

matchms 支持多种相似度度量，包括常见的余弦得分。以下是一个示例，展示如何使用 Spec2Vec 进行相似度比较：

from matchms.similarity import Spec2Vec
from matchms.importing import load_from_json

# 导入质谱数据
spectrums = load_from_json("path_to_your_file.json")

# 计算 Spec2Vec 相似度
spec2vec = Spec2Vec(model="path_to_your_model")
scores = spec2vec.calculate_scores(spectrums, spectrums)

# 打印结果
for score in scores:
    print(score)

典型生态项目

matchms 的功能可以通过其他开源项目进行扩展和补充。以下是一些典型的生态项目：

• Spec2Vec: 一个基于词向量的相似度度量方法，特别适用于质谱数据。
• MS2DeepScore: 一个深度学习模型，用于计算质谱数据的相似度。

这些项目可以与 matchms 结合使用，提供更强大的功能和更高的准确性。

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以上是 matchms 开源项目的教程，涵盖了项目介绍、快速启动、应用案例和最佳实践以及典型生态项目。希望这些内容能帮助您更好地理解和使用 matchms。

matchmsPython library for processing (tandem) mass spectrometry data and for computing spectral similarities.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/matchms