Squidpy 开源项目教程

Squidpy 开源项目教程

squidpySpatial Single Cell Analysis in Python项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/squ/squidpy

项目介绍

Squidpy 是一个用于空间分子数据分析和可视化的工具。它建立在 scanpy 和 anndata 的基础上，继承了它们的模块化和可扩展性。Squidpy 提供了利用数据的空间坐标以及可用组织图像的分析工具。主要功能包括构建和分析邻域图、计算细胞类型和基因的空间统计等。

项目快速启动

安装

你可以通过 PyPI 或 Conda 安装 Squidpy。

通过 PyPI 安装：

pip install squidpy
# 或者包含 napari 的完整安装
pip install 'squidpy[interactive]'

通过 Conda 安装：

conda install -c conda-forge squidpy

基本使用

以下是一个简单的示例，展示如何使用 Squidpy 进行基本的空间数据分析。

import squidpy as sq

# 加载示例数据
adata = sq.datasets.visium_fluo_adata()

# 计算邻域图
sq.gr.spatial_neighbors(adata)

# 计算空间统计
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran")

# 可视化结果
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="moranI")

应用案例和最佳实践

案例一：组织图像分析

Squidpy 可以高效地存储、分析和可视化大型组织图像。以下是一个示例，展示如何使用 Squidpy 进行组织图像分析。

import squidpy as sq

# 加载示例数据
adata = sq.datasets.visium_fluo_adata()

# 计算邻域图
sq.gr.spatial_neighbors(adata)

# 计算空间统计
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran")

# 可视化结果
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="moranI")

案例二：交互式探索

Squidpy 支持使用 napari 进行交互式探索大型组织图像和 anndata。

import squidpy as sq
import napari

# 加载示例数据
adata = sq.datasets.visium_fluo_adata()

# 启动 napari
viewer = napari.Viewer()

# 添加图像
viewer.add_image(adata.uns["spatial"]["sample_0"]["images"]["hires"])

# 添加点数据
viewer.add_points(adata.obsm["spatial"], size=5)

napari.run()

典型生态项目

Scanpy

Scanpy 是一个用于单细胞 RNA 测序数据分析的 Python 库，Squidpy 在其基础上提供了空间数据分析的功能。

AnnData

AnnData 是一个用于存储单细胞数据的 Python 库，Squidpy 利用其数据结构进行空间数据分析。

Napari

Napari 是一个用于交互式查看大型图像数据的 Python 库，Squidpy 支持使用 napari 进行空间数据的可视化。

通过这些生态项目的结合使用，可以实现从数据加载、分析到可视化的完整流程。

squidpySpatial Single Cell Analysis in Python项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/squ/squidpy