Shovill 开源项目使用教程

Shovill 开源项目使用教程

shovill⚡♠️ Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/shovill

1. 项目的目录结构及介绍

Shovill 项目的目录结构如下：

shovill/
├── bin/
│   ├── shovill
│   └── shovill.py
├── scripts/
│   ├── shovill_core.py
│   ├── shovill_trim.py
│   └── shovill_assemble.py
├── test/
│   ├── test_data/
│   └── test_shovill.py
├── README.md
├── LICENSE
└── CONTRIBUTING.md

目录介绍

• bin/：包含 Shovill 的主执行文件 shovill 和其 Python 脚本 shovill.py。
• scripts/：包含 Shovill 的核心脚本，如 shovill_core.py、shovill_trim.py 和 shovill_assemble.py。
• test/：包含测试数据和测试脚本，用于验证 Shovill 的正确性。
• README.md：项目说明文档，包含项目的基本信息和使用方法。
• LICENSE：项目的开源许可证。
• CONTRIBUTING.md：贡献指南，指导开发者如何参与项目贡献。

2. 项目的启动文件介绍

Shovill 的启动文件位于 bin/ 目录下，主要文件是 shovill 和 shovill.py。

shovill

这是一个 shell 脚本，用于调用 shovill.py 并设置必要的环境变量和参数。

shovill.py

这是 Shovill 的主 Python 脚本，负责处理命令行参数、调用各个子脚本并协调整个装配流程。

3. 项目的配置文件介绍

Shovill 没有传统的配置文件，但可以通过环境变量和命令行参数进行配置。

环境变量

以下是一些常用的环境变量及其默认值：

• SHOVILL_CPUS：设置使用的 CPU 核心数，默认值为 8。
• SHOVILL_RAM：设置使用的内存大小，默认值为 16 GB。
• SHOVILL_ASSEMBLER：设置使用的装配器，默认值为 spades。
• TMPDIR：设置临时目录，默认值为 /tmp。

命令行参数

Shovill 支持多种命令行参数，以下是一些常用的参数：

• --cpus：设置使用的 CPU 核心数。
• --ram：设置使用的内存大小。
• --assembler：设置使用的装配器。
• --depth：设置读取的深度。
• --trim：启用读取修剪。
• --noreadcorr：禁用读取错误校正。
• --nostitch：禁用读取重叠。

通过这些环境变量和命令行参数，用户可以根据需要灵活配置 Shovill 的行为。

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