Shovill 开源项目使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
Shovill 项目的目录结构如下:
shovill/
├── bin/
│ ├── shovill
│ └── shovill.py
├── scripts/
│ ├── shovill_core.py
│ ├── shovill_trim.py
│ └── shovill_assemble.py
├── test/
│ ├── test_data/
│ └── test_shovill.py
├── README.md
├── LICENSE
└── CONTRIBUTING.md
目录介绍
bin/
:包含 Shovill 的主执行文件shovill
和其 Python 脚本shovill.py
。scripts/
:包含 Shovill 的核心脚本,如shovill_core.py
、shovill_trim.py
和shovill_assemble.py
。test/
:包含测试数据和测试脚本,用于验证 Shovill 的正确性。README.md
:项目说明文档,包含项目的基本信息和使用方法。LICENSE
:项目的开源许可证。CONTRIBUTING.md
:贡献指南,指导开发者如何参与项目贡献。
2. 项目的启动文件介绍
Shovill 的启动文件位于 bin/
目录下,主要文件是 shovill
和 shovill.py
。
shovill
这是一个 shell 脚本,用于调用 shovill.py
并设置必要的环境变量和参数。
shovill.py
这是 Shovill 的主 Python 脚本,负责处理命令行参数、调用各个子脚本并协调整个装配流程。
3. 项目的配置文件介绍
Shovill 没有传统的配置文件,但可以通过环境变量和命令行参数进行配置。
环境变量
以下是一些常用的环境变量及其默认值:
SHOVILL_CPUS
:设置使用的 CPU 核心数,默认值为 8。SHOVILL_RAM
:设置使用的内存大小,默认值为 16 GB。SHOVILL_ASSEMBLER
:设置使用的装配器,默认值为spades
。TMPDIR
:设置临时目录,默认值为/tmp
。
命令行参数
Shovill 支持多种命令行参数,以下是一些常用的参数:
--cpus
:设置使用的 CPU 核心数。--ram
:设置使用的内存大小。--assembler
:设置使用的装配器。--depth
:设置读取的深度。--trim
:启用读取修剪。--noreadcorr
:禁用读取错误校正。--nostitch
:禁用读取重叠。
通过这些环境变量和命令行参数,用户可以根据需要灵活配置 Shovill 的行为。