CaImAn-MATLAB：大规模钙成像数据分析工具箱

CaImAn-MATLAB：大规模钙成像数据分析工具箱

CaImAn-MATLABComplete Matlab pipeline for large scale calcium imaging data analysis项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/CaImAn-MATLAB

项目介绍

CaImAn-MATLAB 是一个用于大规模钙成像数据分析的计算工具箱。它实现了 CNMF 算法，用于从大规模钙成像视频中同时提取源和推断尖峰信号。该工具箱适用于细胞体成像数据的分析，并包含多种功能，如源提取、去噪、解卷积和尖峰提取等。尽管该项目已不再维护，但它作为一个历史档案，对于有特定需求的用户仍然具有一定的参考价值。

项目技术分析

CaImAn-MATLAB 的核心技术基于约束非负矩阵分解（CNMF）算法，能够处理高度重叠和神经胶质污染的成像数据。此外，它还包括以下技术特点：

• 源提取：使用预训练的卷积神经网络分类器选择推断源，并支持跨不同会话/天的组件注册。
• 去噪、解卷积和尖峰提取：采用约束 foopsi 方法和 OASIS 算法进行近在线实现，以及 MCMC 算法进行贝叶斯尖峰推断。
• 处理大型数据集：通过内存映射和并行处理补丁来处理大型数据集。
• 运动校正：使用 NoRMCorre 算法进行快速可并行的非刚性运动校正。

项目及技术应用场景

CaImAn-MATLAB 适用于以下场景：

• 神经科学研究：用于分析钙成像数据，提取神经活动信号。
• 生物医学成像：处理和分析大规模的钙成像数据集。
• 数据分析和处理：需要对重叠和污染的成像数据进行源提取和去噪的应用。

项目特点

• 多功能性：集成了源提取、去噪、解卷积和尖峰提取等多种功能。
• 处理能力：能够处理大规模数据集，支持内存映射和并行处理。
• 技术先进：采用了先进的 CNMF 算法和 OASIS 算法，以及贝叶斯尖峰推断技术。
• 历史价值：尽管不再维护，但作为历史档案，对于特定需求的用户仍具有参考价值。

总之，CaImAn-MATLAB 是一个功能强大的钙成像数据分析工具箱，尽管它已不再维护，但对于需要处理大规模钙成像数据的用户来说，它仍然是一个值得探索的资源。

CaImAn-MATLABComplete Matlab pipeline for large scale calcium imaging data analysis项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/CaImAn-MATLAB