MCAT 开源项目使用教程

廉咏燃

于 2024-09-09 09:09:56 发布

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MCAT 开源项目使用教程

MCATMultimodal Co-Attention Transformer for Survival Prediction in Gigapixel Whole Slide Images - ICCV 2021项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mc/MCAT

1. 项目的目录结构及介绍

MCAT 项目的目录结构如下：

MCAT/
├── data/
│   ├── processed/
│   └── raw/
├── models/
│   ├── __init__.py
│   └── model.py
├── notebooks/
│   └── example.ipynb
├── scripts/
│   ├── preprocess.py
│   └── train.py
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   └── test_model.py
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py

目录结构介绍：

data/: 存放项目的数据文件，包括处理后的数据 (processed/) 和原始数据 (raw/)。
models/: 存放项目的模型文件，model.py 是主要的模型定义文件。
notebooks/: 存放 Jupyter Notebook 文件，用于数据分析和模型测试。
scripts/: 存放项目的脚本文件，preprocess.py 用于数据预处理，train.py 用于模型训练。
tests/: 存放项目的测试文件，test_model.py 用于测试模型的功能。
.gitignore: Git 忽略文件，指定不需要版本控制的文件和目录。
LICENSE: 项目的开源许可证文件。
README.md: 项目的介绍文件，通常包含项目的概述、安装和使用说明。
requirements.txt: 项目的依赖文件，列出了项目运行所需的 Python 包。
setup.py: 项目的安装脚本，用于安装项目的依赖和配置。

2. 项目的启动文件介绍

MCAT 项目的启动文件是 scripts/train.py。该文件负责加载数据、初始化模型、进行训练并保存训练结果。

启动文件介绍：

scripts/train.py:
- 加载数据：从 data/processed/ 目录中加载预处理后的数据。
- 初始化模型：从 models/model.py 中导入模型并初始化。
- 训练模型：使用加载的数据对模型进行训练。
- 保存结果：将训练好的模型保存到指定目录。

3. 项目的配置文件介绍

MCAT 项目的配置文件主要包括 requirements.txt 和 setup.py。

配置文件介绍：

requirements.txt:
- 列出了项目运行所需的 Python 包及其版本。例如：
```
numpy==1.19.5
pandas==1.2.4
torch==1.8.1
```

setup.py:

项目的安装脚本，用于安装项目的依赖和配置。通常包含以下内容：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='MCAT',
    version='0.1',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'numpy==1.19.5',
        'pandas==1.2.4',
        'torch==1.8.1',
    ],
)

通过以上配置文件，用户可以方便地安装项目所需的依赖，并进行项目的配置和启动。

MCATMultimodal Co-Attention Transformer for Survival Prediction in Gigapixel Whole Slide Images - ICCV 2021项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mc/MCAT