Pubmed Batch Download 开源项目教程

Pubmed Batch Download 开源项目教程

Pubmed-Batch-DownloadBatch download articles based on PMID (Pubmed ID)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pu/Pubmed-Batch-Download

1. 项目的目录结构及介绍

Pubmed-Batch-Download/
├── README.md
├── config.ini
├── pubmed_batch_download.py
├── requirements.txt
└── utils/
    ├── __init__.py
    └── helpers.py

• README.md: 项目说明文件，包含项目的基本信息和使用指南。
• config.ini: 配置文件，用于设置PubMed API的访问参数和其他配置选项。
• pubmed_batch_download.py: 项目的启动文件，包含主程序逻辑。
• requirements.txt: 项目依赖文件，列出了运行该项目所需的Python包。
• utils/: 工具模块目录，包含辅助函数和类。
  • init.py: 使utils目录成为一个Python包。
  • helpers.py: 包含一些辅助函数，如API请求处理和数据解析。

2. 项目的启动文件介绍

pubmed_batch_download.py 是项目的启动文件，主要负责以下功能：

• 读取配置文件 config.ini。
• 初始化PubMed API的连接。
• 批量下载指定的PubMed文章。
• 处理下载结果并保存到指定目录。

启动文件的核心代码如下：

import configparser
from utils.helpers import PubMedAPI

def main():
    config = configparser.ConfigParser()
    config.read('config.ini')
    
    api = PubMedAPI(config['DEFAULT']['api_key'])
    articles = api.batch_download(config['DEFAULT']['query'], config['DEFAULT']['output_dir'])
    
    # 处理下载的文章
    for article in articles:
        print(f"Downloaded: {article['title']}")

if __name__ == "__main__":
    main()

3. 项目的配置文件介绍

config.ini 是项目的配置文件，用于设置PubMed API的访问参数和其他配置选项。配置文件的内容如下：

[DEFAULT]
api_key = YOUR_API_KEY
query = "your query here"
output_dir = ./output

• api_key: 你的PubMed API密钥。
• query: 你要搜索的PubMed查询语句。
• output_dir: 下载文章的保存目录。

确保在运行项目前，将 YOUR_API_KEY 替换为你的实际API密钥，并根据需要修改 query 和 output_dir 的值。

通过以上配置，项目可以正确连接到PubMed API并批量下载指定的文章。

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