MolVS 开源项目使用教程

MolVS 开源项目使用教程

MolVSMolecule Validation and Standardization项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/MolVS

1. 项目的目录结构及介绍

MolVS 项目的目录结构如下：

MolVS/
├── docs/
├── examples/
├── molvs/
├── tests/
├── bumpversion.cfg
├── .gitignore
├── readthedocs.yml
├── CHANGELOG.md
├── CONTRIBUTING.rst
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.rst
├── azure-pipelines.yml
├── environment.yml
└── setup.py

目录结构介绍

• docs/: 存放项目的文档文件，通常包含项目的使用说明、API 文档等。
• examples/: 存放项目的示例代码，帮助用户理解如何使用该项目。
• molvs/: 项目的核心代码目录，包含实现分子验证和标准化的 Python 代码。
• tests/: 存放项目的测试代码，用于确保代码的正确性和稳定性。
• bumpversion.cfg: 配置文件，用于版本号的自动更新。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件或目录不需要被 Git 管理。
• readthedocs.yml: 配置文件，用于在 Read the Docs 上构建和发布文档。
• CHANGELOG.md: 记录项目的变更历史，通常包含每个版本的更新内容。
• CONTRIBUTING.rst: 指导开发者如何为项目贡献代码的文档。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件，MolVS 使用 MIT 许可证。
• MANIFEST.in: 指定在打包项目时需要包含的文件。
• README.rst: 项目的介绍文件，通常包含项目的基本信息、安装方法和使用说明。
• azure-pipelines.yml: 配置文件，用于在 Azure Pipelines 上进行持续集成和持续部署。
• environment.yml: 配置文件，用于创建项目的 Conda 环境。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于配置项目的依赖项和安装过程。

2. 项目的启动文件介绍

MolVS 项目没有明确的“启动文件”，因为它是一个库，而不是一个独立的应用程序。用户通常通过导入 molvs 模块来使用其中的功能。例如：

from molvs import standardize_smiles

standardized_smiles = standardize_smiles('C[n+]1c([N-](C))cccc1')
print(standardized_smiles)  # 输出: 'CN=c1ccccn1C'

3. 项目的配置文件介绍

MolVS 项目中有几个重要的配置文件：

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于配置项目的依赖项、元数据和安装过程。以下是 setup.py 的部分内容：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='molvs',
    version='0.1.1',
    description='Molecule Validation and Standardization',
    long_description=open('README.rst').read(),
    author='Matt Swain',
    author_email='m.swain@me.com',
    url='https://github.com/mcs07/MolVS',
    license='MIT',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'rdkit',
    ],
    classifiers=[
        'Development Status :: 4 - Beta',
        'Intended Audience :: Developers',
        'License :: OSI Approved :: MIT License',
        'Programming Language :: Python :: 3',
        'Programming Language :: Python :: 3.6',
        'Programming Language :: Python :: 3.7',
        'Programming Language :: Python :: 3.8',
    ],
)

environment.yml

environment.yml 是 Conda 环境的配置文件，用于创建和管理项目的开发环境。以下是 environment.yml 的部分内容：

name: molvs
channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - python=3.8
  - rdkit
  - pytest

readthedocs.yml

readthedocs.yml 是 Read the Docs 的配置文件，用于在 Read the Docs 上构建和发布项目的文档。以下是 readthedocs.yml 的部分内容：

version: 2

sphinx:
  configuration: docs/conf.py

python:
  version: 3.8
  install:
    - method: pip
      path: .
    - requirements: docs/requirements.txt

通过这些配置文件，用户可以轻松地安装、配置和使用 MolVS 项目。

MolVSMolecule Validation and Standardization项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/MolVS