BIDS 开源项目教程

BIDS 开源项目教程

BIDSA Brief Introduction to Data Structures项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BIDS

项目介绍

BIDS（Brain Imaging Data Structure）是一个简单直观的组织和描述神经影像和行为数据的方式。该项目旨在为神经影像数据提供一个标准化的文件格式和文件夹结构，以便于数据的共享和分析。BIDS 项目受到 OpenfMRI 仓库内部使用的格式的启发，经过多位神经科学家的咨询和改进，已成为一个广泛接受的标准。

项目快速启动

安装

首先，克隆 BIDS 项目的 GitHub 仓库：

git clone https://github.com/xiexiexx/BIDS.git
cd BIDS

配置

根据您的操作系统，安装必要的依赖项。例如，在 Ubuntu 上，您可以运行：

sudo apt-get update
sudo apt-get install python3 python3-pip
pip3 install -r requirements.txt

运行

使用以下命令启动 BIDS 项目：

python3 main.py

应用案例和最佳实践

案例一：神经影像数据组织

BIDS 标准提供了一个结构化的方式来组织神经影像数据。例如，一个典型的 BIDS 数据集可能包含以下结构：

project_root/
├── dataset_description.json
├── sub-01/
│   ├── anat/
│   │   └── sub-01_T1w.nii.gz
│   ├── func/
│   │   └── sub-01_task-rest_bold.nii.gz
│   └── sub-01_scans.tsv
├── sub-02/
│   ├── anat/
│   │   └── sub-02_T1w.nii.gz
│   ├── func/
│   │   └── sub-02_task-rest_bold.nii.gz
│   └── sub-02_scans.tsv
└── participants.tsv

最佳实践

1. 一致性：确保所有数据集遵循相同的文件和文件夹命名约定。
2. 文档化：为每个数据集提供详细的 dataset_description.json 文件。
3. 版本控制：使用 Git 或其他版本控制系统来跟踪数据集的变化。

典型生态项目

OpenNeuro

OpenNeuro 是一个基于 BIDS 标准的神经影像数据共享平台，允许研究人员上传、共享和分析神经影像数据。

NeuroScout

NeuroScout 是一个基于 BIDS 数据集的预处理和分析工具，提供了丰富的预处理和分析功能，帮助研究人员快速进行数据分析。

BIDS Starter Kit

BIDS Starter Kit 提供了丰富的教程和工具，帮助研究人员快速上手 BIDS 标准，包括数据集的创建、验证和转换等。

通过这些生态项目，BIDS 标准得到了广泛的应用和推广，为神经影像数据的共享和分析提供了强大的支持。

BIDSA Brief Introduction to Data Structures项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BIDS