TorchDrug 开源项目教程

TorchDrug 开源项目教程

torchdrugA powerful and flexible machine learning platform for drug discovery项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/to/torchdrug

项目介绍

TorchDrug 是一个基于 PyTorch 的机器学习工具箱，专门设计用于药物发现领域。它涵盖了从图机器学习（如图神经网络、几何深度学习及知识图谱）、深度生成模型到强化学习等多种技术。TorchDrug 提供了一个全面且灵活的接口，支持快速原型设计和开发药物发现模型。

项目快速启动

安装

首先，确保你已经安装了 PyTorch。然后，可以通过以下命令安装 TorchDrug：

pip install torchdrug

快速开始示例

以下是一个简单的示例，展示如何使用 TorchDrug 进行图操作：

from torchdrug import data

# 定义边列表
edge_list = [[0, 1], [1, 2], [2, 3], [3, 4], [4, 5], [5, 0]]
graph = data.Graph(edge_list, num_node=6)
graph = graph.cuda()  # 将图移动到 GPU

# 获取由节点 2, 3, 4 诱导的子图
subgraph = graph.subgraph([2, 3, 4])

# 处理分子
mol = data.Molecule.from_smiles("CCOC(=O)N", atom_feature="default", bond_feature="default")
print(mol.node_feature)

应用案例和最佳实践

分子属性预测

TorchDrug 可以用于预测分子的各种属性，如溶解度、毒性等。以下是一个简单的分子属性预测示例：

from torchdrug import models, tasks

# 定义模型和任务
model = models.GIN(input_dim=mol.node_feature.shape[1], hidden_dims=[32, 32], num_mlp_layer=2)
task = tasks.PropertyPrediction(model, task=["solubility"], num_mlp_layer=2)

# 训练模型
optimizer = torch.optim.Adam(task.parameters(), lr=1e-3)
task.train()
for epoch in range(10):
    optimizer.zero_grad()
    loss = task(mol)
    loss.backward()
    optimizer.step()

图神经网络在药物发现中的应用

图神经网络（GNN）在药物发现中广泛应用于分子图的表示学习。TorchDrug 提供了丰富的 GNN 模型和任务，支持快速原型设计和实验。

典型生态项目

PyTorch Geometric

PyTorch Geometric 是一个与 TorchDrug 紧密相关的项目，它提供了丰富的图神经网络操作和数据集。TorchDrug 在底层使用了 PyTorch Geometric 的一些功能，增强了图操作的能力。

Deep Graph Library (DGL)

DGL 是另一个流行的图神经网络库，它提供了高效的图操作和模型实现。虽然 TorchDrug 主要基于 PyTorch Geometric，但与 DGL 的结合使用可以进一步扩展其功能和应用范围。

通过以上内容，你可以快速了解和开始使用 TorchDrug 进行药物发现相关的机器学习任务。

torchdrugA powerful and flexible machine learning platform for drug discovery项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/to/torchdrug