QuickUMLS 项目教程

QuickUMLS 项目教程

QuickUMLSSystem for Medical Concept Extraction and Linking项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qu/QuickUMLS

1. 项目的目录结构及介绍

QuickUMLS 项目的目录结构如下：

QuickUMLS/
├── quickumls/
│   ├── __init__.py
│   ├── quickumls.py
│   ├── utils.py
│   ├── simstring_wrapper.py
│   ├── unqlite_wrapper.py
│   └── ...
├── setup.py
├── README.md
├── LICENSE
├── requirements.txt
└── ...

目录结构介绍

• quickumls/: 包含 QuickUMLS 的核心代码文件。
  • __init__.py: 初始化文件，用于导入模块。
  • quickumls.py: QuickUMLS 的主要实现文件。
  • utils.py: 包含一些辅助函数和工具。
  • simstring_wrapper.py: 封装了 SimString 库的接口。
  • unqlite_wrapper.py: 封装了 UnQLite 数据库的接口。
• setup.py: 用于安装 QuickUMLS 的脚本。
• README.md: 项目说明文件，包含项目的基本信息和使用指南。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• requirements.txt: 列出了项目依赖的 Python 包。

2. 项目的启动文件介绍

QuickUMLS 的启动文件是 quickumls.py，位于 quickumls/ 目录下。该文件包含了 QuickUMLS 的主要逻辑和功能实现。

启动文件介绍

• quickumls.py:
  • 该文件定义了 QuickUMLS 类，用于初始化和运行 QuickUMLS 工具。
  • 提供了初始化 QuickUMLS 实例的方法，如 __init__ 方法。
  • 包含了处理文本、提取生物医学概念的主要逻辑。

3. 项目的配置文件介绍

QuickUMLS 的配置主要通过代码中的参数进行设置，没有独立的配置文件。以下是一些关键的配置参数：

配置参数介绍

• quickumls_fp: QuickUMLS 数据文件的目录路径。
• overlapping_criteria: 重叠标准，用于处理重叠的概念。
• threshold: 相似度阈值，用于过滤匹配结果。
• similarity_name: 相似度计算方法，如 "cosine" 或 "jaccard"。
• window: 窗口大小，用于限制匹配的范围。
• accepted_semtypes: 接受的语义类型列表。

示例代码

from quickumls import QuickUMLS

matcher = QuickUMLS(
    quickumls_fp='path/to/quickumls/data',
    overlapping_criteria='score',
    threshold=0.7,
    similarity_name='cosine',
    window=5,
    accepted_semtypes=['T121', 'T123']
)

以上代码展示了如何初始化一个 QuickUMLS 实例，并设置相关参数。

QuickUMLSSystem for Medical Concept Extraction and Linking项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qu/QuickUMLS