DeepPurpose 开源项目使用教程

DeepPurpose 开源项目使用教程

DeepPurposeA Deep Learning Toolkit for DTI, Drug Property, PPI, DDI, Protein Function Prediction (Bioinformatics)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/de/DeepPurpose

1. 项目的目录结构及介绍

DeepPurpose 项目的目录结构如下：

DeepPurpose/
├── DEMO/
├── DeepPurpose/
│   ├── __init__.py
│   ├── chemutils.py
│   ├── dataset.py
│   ├── model_helper.py
│   ├── models.py
│   ├── oneliner.py
│   ├── utils.py
│   └── ...
├── environment.yml
├── README.md
├── setup.py
└── ...

目录结构介绍

• DEMO/: 包含示例代码和教程的 Jupyter Notebook 文件。
• DeepPurpose/: 核心代码目录，包含各种模块和工具函数。
  • init.py: 初始化文件。
  • chemutils.py: 化学工具函数。
  • dataset.py: 数据集处理函数。
  • model_helper.py: 模型辅助函数。
  • models.py: 模型定义。
  • oneliner.py: 一行代码实现功能的模块。
  • utils.py: 通用工具函数。
• environment.yml: Conda 环境配置文件。
• README.md: 项目说明文档。
• setup.py: 安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

DeepPurpose 项目的启动文件主要是 Jupyter Notebook 文件，位于 DEMO/ 目录下。这些文件提供了项目的使用示例和教程。

启动文件介绍

• DEMO/Demo_BindingDB_Molecular_Generation.ipynb: 演示如何使用 DeepPurpose 进行分子生成。
• DEMO/Demo_BindingDB_Regression.ipynb: 演示如何使用 DeepPurpose 进行回归任务。
• DEMO/Demo_Repurposing.ipynb: 演示如何使用 DeepPurpose 进行药物再利用。

3. 项目的配置文件介绍

DeepPurpose 项目的配置文件主要是 environment.yml 和 setup.py。

配置文件介绍

• environment.yml: 定义了项目所需的 Conda 环境，包括 Python 版本和依赖包。
• setup.py: 用于安装项目的脚本，可以通过 pip install . 进行安装。

配置文件使用方法

1. 创建 Conda 环境:

   conda env create -f environment.yml
   

2. 激活 Conda 环境:

   conda activate DeepPurpose
   

3. 安装项目:

   pip install .
   

通过以上步骤，您可以成功配置和启动 DeepPurpose 项目。

DeepPurposeA Deep Learning Toolkit for DTI, Drug Property, PPI, DDI, Protein Function Prediction (Bioinformatics)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/de/DeepPurpose