SeuratDisk 开源项目教程

SeuratDisk 开源项目教程

seurat-diskInterfaces for HDF5-based Single Cell File Formats项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seurat-disk

项目介绍

SeuratDisk 是一个用于处理 HDF5 格式单细胞文件的开源项目。它旨在存储和分析多模态单细胞和空间解析表达实验数据，例如来自 CITE-seq 或 10X Visium 技术。SeuratDisk 支持快速和在磁盘上转换 h5Seurat 和 AnnData 对象，以增强 Seurat 和 Scanpy 之间的互操作性。

项目快速启动

安装 SeuratDisk

SeuratDisk 目前不在 CRAN 上提供，可以通过 GitHub 安装：

if (requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)) {
  install.packages("remotes")
}
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")

加载 SeuratDisk

library(SeuratDisk)

示例代码

以下是一个简单的示例，展示如何将一个 Seurat 对象保存为 h5Seurat 文件：

# 创建一个示例 Seurat 对象
library(Seurat)
pbmc_small <- CreateSeuratObject(counts = Matrix::Matrix(data = rnorm(100), nrow = 10, ncol = 10))

# 将 Seurat 对象保存为 h5Seurat 文件
SaveH5Seurat(pbmc_small, filename = "example.h5Seurat")

应用案例和最佳实践

案例一：CITE-seq 数据分析

CITE-seq 是一种结合了表面蛋白标记和转录组测序的技术。使用 SeuratDisk，可以轻松地将 CITE-seq 数据存储为 h5Seurat 文件，并进行后续分析。

# 加载 CITE-seq 数据
cite_seq_data <- Read10X("path_to_cite_seq_data")
cite_seq_seurat <- CreateSeuratObject(counts = cite_seq_data$`Gene Expression`)

# 添加表面蛋白标记数据
cite_seq_seurat[["Protein"]] <- CreateAssayObject(counts = cite_seq_data$`Antibody Capture`)

# 保存为 h5Seurat 文件
SaveH5Seurat(cite_seq_seurat, filename = "cite_seq.h5Seurat")

最佳实践

1. 数据备份：在处理大型单细胞数据时，定期备份 h5Seurat 文件至外部存储设备。
2. 内存管理：使用 on-disk 转换功能，避免内存不足问题。
3. 互操作性：利用 SeuratDisk 的转换功能，实现 Seurat 和 Scanpy 之间的无缝数据交换。

典型生态项目

Seurat

Seurat 是一个用于单细胞 RNA 测序数据分析的 R 包，广泛应用于单细胞数据的质控、聚类和差异表达分析。

Scanpy

Scanpy 是一个用于单细胞基因表达数据分析的 Python 库，提供了与 Seurat 类似的功能，但使用 Python 语言。

AnnData

AnnData 是 Scanpy 中使用的数据结构，用于存储单细胞数据。SeuratDisk 支持 h5Seurat 和 AnnData 之间的转换，增强了不同工具之间的互操作性。

通过 SeuratDisk，用户可以轻松地在 Seurat 和 Scanpy 之间共享和转换数据，充分利用两个生态系统的优势。

seurat-diskInterfaces for HDF5-based Single Cell File Formats项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seurat-disk