MolScribe 项目使用教程

MolScribe 项目使用教程

MolScribe Robust Molecular Structure Recognition with Image-to-Graph Generation 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/MolScribe

1. 项目目录结构及介绍

MolScribe 项目的目录结构如下：

MolScribe/
├── assets/
├── molscribe/
├── notebook/
├── scripts/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── __init__.py
├── evaluate.py
├── predict.py
├── requirements.txt
├── setup.cfg
├── setup.py
└── train.py

目录介绍

• assets/: 存放示例图像文件和其他资源文件。
• molscribe/: 包含 MolScribe 模型的核心代码，包括模型定义、训练和预测的实现。
• notebook/: 存放 Jupyter Notebook 文件，用于交互式演示和实验。
• scripts/: 包含用于训练、评估和预测的脚本文件。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定不需要版本控制的文件和目录。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的介绍文档，包含项目的基本信息和使用说明。
• init.py: Python 包初始化文件。
• evaluate.py: 用于评估模型性能的脚本。
• predict.py: 用于预测分子结构的脚本。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setup.cfg: 项目配置文件，包含安装和构建的配置信息。
• setup.py: 用于安装项目的 Python 脚本。
• train.py: 用于训练模型的脚本。

2. 项目启动文件介绍

MolScribe 项目的启动文件主要是 predict.py 和 train.py。

predict.py

predict.py 文件用于加载预训练模型并对输入的分子图像进行预测。以下是该文件的主要功能：

• 加载预训练模型。
• 读取输入的分子图像。
• 使用模型预测分子的化学结构。
• 输出预测结果，包括 SMILES 表示、分子文件和置信度等信息。

train.py

train.py 文件用于训练 MolScribe 模型。以下是该文件的主要功能：

• 加载训练数据集。
• 初始化模型和优化器。
• 进行模型训练，并保存训练过程中的模型权重。
• 输出训练日志和评估结果。

3. 项目的配置文件介绍

MolScribe 项目的主要配置文件是 setup.cfg 和 requirements.txt。

setup.cfg

setup.cfg 文件包含了项目的安装和构建配置信息。以下是该文件的主要内容：

• metadata: 包含项目的元数据，如名称、版本、作者等。
• options: 包含安装选项，如需要安装的包、依赖等。
• options.extras_require: 包含额外的依赖项，用于不同的使用场景。

requirements.txt

requirements.txt 文件列出了项目运行所需的 Python 包及其版本。以下是该文件的主要内容：

• 列出所有依赖的 Python 包及其版本号。
• 用于确保项目在不同环境中的一致性。

通过以上介绍，您可以更好地理解和使用 MolScribe 项目。

MolScribe Robust Molecular Structure Recognition with Image-to-Graph Generation 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/MolScribe