Lichee 开源项目教程

Lichee 开源项目教程

Lichee项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/li/Lichee

项目介绍

Lichee 是一个由腾讯开发的开源项目，旨在提供快速且可扩展的多样本癌症谱系推断工具。该项目通过组合方法，利用深度测序的体细胞单核苷酸变异（SSNVs）的变异等位频率（VAFs）来重建多样本细胞谱系树，并推断给定样本的亚克隆组成。Lichee 接受一组带有指定每样本 VAFs 的 SNVs 作为输入，并输出推断的细胞谱系树和样本亚克隆分解。此外，Lichee 还提供了一个可选的简单图形用户界面（GUI），允许用户动态地与树进行交互。

项目快速启动

环境准备

在开始使用 Lichee 之前，请确保您的系统已安装以下依赖：

• Java 8 或更高版本
• Git

下载与安装

# 克隆 Lichee 仓库
git clone https://github.com/Tencent/Lichee.git

# 进入项目目录
cd Lichee

# 构建项目
./gradlew build

运行示例

# 运行示例数据
java -jar build/libs/Lichee.jar -i example/input.txt -o example/output

应用案例和最佳实践

应用案例

Lichee 已被广泛应用于癌症基因组学研究中，特别是在多样本癌症谱系推断方面。例如，研究人员使用 Lichee 分析了多个癌症样本的基因组数据，成功推断出复杂的细胞谱系关系和亚克隆组成，为癌症的分子机制研究提供了重要线索。

最佳实践

• 数据预处理：确保输入的 SNVs 数据质量高，VAFs 计算准确。
• 参数调整：根据具体研究需求，调整 Lichee 的参数以获得最佳推断结果。
• 结果验证：通过与其他生物信息学工具的结果对比，验证 Lichee 推断的准确性。

典型生态项目

Lichee 作为癌症基因组学领域的工具，与其他相关项目形成了丰富的生态系统。以下是一些典型的生态项目：

• GATK：用于变异检测的工具，可以与 Lichee 结合使用，提供高质量的 SNVs 数据。
• PCAWG：国际癌症基因组联盟项目，Lichee 的结果可以作为其研究的一部分，提供更全面的癌症基因组分析。
• TCGA：癌症基因组图谱项目，Lichee 的推断结果可以与 TCGA 的数据集进行对比分析，增强研究的可靠性。

通过这些生态项目的结合使用，Lichee 能够为癌症基因组学研究提供更全面、更深入的分析支持。

Lichee项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/li/Lichee