Lichee 开源项目教程
Lichee项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/li/Lichee
项目介绍
Lichee 是一个由腾讯开发的开源项目,旨在提供快速且可扩展的多样本癌症谱系推断工具。该项目通过组合方法,利用深度测序的体细胞单核苷酸变异(SSNVs)的变异等位频率(VAFs)来重建多样本细胞谱系树,并推断给定样本的亚克隆组成。Lichee 接受一组带有指定每样本 VAFs 的 SNVs 作为输入,并输出推断的细胞谱系树和样本亚克隆分解。此外,Lichee 还提供了一个可选的简单图形用户界面(GUI),允许用户动态地与树进行交互。
项目快速启动
环境准备
在开始使用 Lichee 之前,请确保您的系统已安装以下依赖:
- Java 8 或更高版本
- Git
下载与安装
# 克隆 Lichee 仓库
git clone https://github.com/Tencent/Lichee.git
# 进入项目目录
cd Lichee
# 构建项目
./gradlew build
运行示例
# 运行示例数据
java -jar build/libs/Lichee.jar -i example/input.txt -o example/output
应用案例和最佳实践
应用案例
Lichee 已被广泛应用于癌症基因组学研究中,特别是在多样本癌症谱系推断方面。例如,研究人员使用 Lichee 分析了多个癌症样本的基因组数据,成功推断出复杂的细胞谱系关系和亚克隆组成,为癌症的分子机制研究提供了重要线索。
最佳实践
- 数据预处理:确保输入的 SNVs 数据质量高,VAFs 计算准确。
- 参数调整:根据具体研究需求,调整 Lichee 的参数以获得最佳推断结果。
- 结果验证:通过与其他生物信息学工具的结果对比,验证 Lichee 推断的准确性。
典型生态项目
Lichee 作为癌症基因组学领域的工具,与其他相关项目形成了丰富的生态系统。以下是一些典型的生态项目:
- GATK:用于变异检测的工具,可以与 Lichee 结合使用,提供高质量的 SNVs 数据。
- PCAWG:国际癌症基因组联盟项目,Lichee 的结果可以作为其研究的一部分,提供更全面的癌症基因组分析。
- TCGA:癌症基因组图谱项目,Lichee 的推断结果可以与 TCGA 的数据集进行对比分析,增强研究的可靠性。
通过这些生态项目的结合使用,Lichee 能够为癌症基因组学研究提供更全面、更深入的分析支持。