LAMMPS 教程:安装与使用指南
1. 项目目录结构及介绍
在下载并解压LAMMPS源代码之后,你会看到以下主要的目录结构:
src/
: 主要的源代码存放目录,包含了所有LAMMPS的核心功能和各种计算模型。doc/
: 文档目录,包括HTML格式的在线帮助和PDF版本的手册。examples/
: 示例目录,用于展示如何运行不同类型的模拟。lib/
: 外部库目录,如果需要,可以在这里找到或添加额外的依赖库。make/
: Makefile模板目录,用于构建和定制LAMMPS编译选项。packages/
: 可选包目录,包含非核心但有用的扩展功能。
2. 项目的启动文件介绍
LAMMPS的主输入文件通常以.lmp
或.data
为扩展名,其中.data
文件包含了分子系统的详细信息,如原子类型、坐标、力常数等。.lmp
文件则包含LAMMPS命令行指令,例如设置模拟参数、定义计算步骤和输出结果。启动LAMMPS时,你将需要指定这两个文件,通常使用如下命令行格式:
./lmp_mpi < input.lmp
这里,lmp_mpi
是可执行文件,input.lmp
是你编写的LAMMPS指令文件。
3. 项目的配置文件介绍
LAMMPS的配置主要通过编译时选择不同的Makefile
模板以及在make
命令中指定选项完成。一些常见的配置包括:
- 编译模式:你可以选择
optimize
,debug
, 或profile
等模式来调整性能和调试级别。 - 启用/禁用包:LAMMPS有许多可选包,比如Kokkos(用于加速计算),可以通过
-package
选项在Makefile中控制。 - 并行计算:通过
MPI
支持进行多进程并行计算,可以在Makefile模板中设置USE_MPI
。 - 硬件优化:对于特定的CPU架构,如GPU或多核处理器,可以启用特定的优化选项。
例如,要构建一个启用Kokkos并行包的优化版本,你可以运行:
cd src
make yes-package Kokkos
make mode=opt
cd ..
以上就是关于LAMMPS的基本安装和使用教程。更详细的配置和操作方法,建议参考LAMMPS的官方文档和示例。祝你成功运行你的分子动力学模拟!