开源项目MISO-LIMS安装与使用指南

开源项目MISO-LIMS安装与使用指南

miso-limsMISO: An open-source LIMS for NGS sequencing centres项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims

目录结构及介绍

在克隆或下载了MISO-LIMS项目之后, 你的根目录下将会看到一系列文件和子目录。下面是主要文件夹及其功能简介：

• docker-compose: Docker 配置相关文件, 用于快速构建和运行服务。

  • demo-plain.yml: Docker Compose 文件以创建一个基本示例环境。
  • demo-detailed.yml: Docker Compose 文件创建一个详细示例环境。

• src/main/resources: 应用程序资源文件的位置，包括属性文件和其他非代码资源。

  • application.properties: 主配置文件, 包含应用配置参数，如数据库连接等。

• src/main/java: Java 源代码的主位置。

• src/test/java: 单元测试和集成测试的Java代码。

• .gitignore, .editorconfig, .dockerignore: Git 和编辑器配置以及Docker忽略规则。

• README.md, LICENSE.txt: README 文件和许可证文件。

• pom.xml: Maven 构建配置文件, 定义依赖关系和插件。

启动文件介绍

Docker Compose

demo-plain.yml

demo-plain.yml 是 Docker Compose 的一种配置方式，可以用来部署 MISO 的基础样例环境。这个环境设定了一个简单的样品->库->库子样本->池的工作流程。

如何运行

要从零开始运行该示例环境，首先确保您的机器上已安装 Docker 和 Docker Compose。然后进行以下操作:

1. 导航至miso-lims-compose目录内
2. 设置必要的环境变量（例如MISO_DB_USER,MISO_DB,MISO_DB_PASSWORD_FILE 和 MISO_TAG）
3. 运行命令：docker-compose -f demo-plain.yml up 或者更简单地只写up如果demo-plain.yml是默认的compose文件.

配置文件介绍

application.properties

此文件包含了所有主要的应用配置，比如数据源设置。下面是一些关键的属性例子：

• spring.datasource.url: 数据库URL。
• spring.datasource.username: 数据库用户名。
• spring.datasource.password: 数据库密码。
• spring.jpa.hibernate.ddl-auto: JPA Hibernate DDL 自动策略，默认值是update，意味着每次应用启动时都会根据实体类映射更新表结构；使用create-drop则会在应用程序启动时清除并重新创建表。

以上就是基于MISO-LIMS项目的基本安装和配置步骤说明，希望对您有所帮助！

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如果您在阅读本指南过程中遇到任何疑问或需要进一步帮助, 请随时联系项目维护人员或访问官方文档获取更多信息。

miso-limsMISO: An open-source LIMS for NGS sequencing centres项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims