TAPE 开源项目使用教程
tape项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tape6/tape
1. 项目的目录结构及介绍
TAPE(Tasks Assessing Protein Embeddings)是一个用于评估蛋白质嵌入任务的开源项目。以下是该项目的主要目录结构及其介绍:
tape/
├── README.md
├── setup.py
├── tape/
│ ├── datasets/
│ ├── models/
│ ├── training/
│ ├── utils/
│ ├── __init__.py
│ ├── main.py
│ └── config.yaml
└── tests/
- README.md: 项目说明文档,包含项目的基本信息和使用指南。
- setup.py: 用于安装项目的脚本。
- tape/: 项目的主要代码目录。
- datasets/: 包含数据集处理的相关代码。
- models/: 包含各种蛋白质嵌入模型的实现。
- training/: 包含训练模型的相关代码。
- utils/: 包含各种工具函数和辅助代码。
- init.py: 使
tape
目录成为一个 Python 包。 - main.py: 项目的启动文件。
- config.yaml: 项目的配置文件。
- tests/: 包含项目的测试代码。
2. 项目的启动文件介绍
main.py
是 TAPE 项目的启动文件。它负责处理命令行参数、加载配置、初始化模型和数据集,并启动训练或评估过程。以下是 main.py
的主要功能:
- 命令行参数解析: 使用
argparse
库解析用户输入的命令行参数。 - 配置加载: 从
config.yaml
文件中加载配置参数。 - 模型初始化: 根据配置参数初始化相应的模型。
- 数据集加载: 根据配置参数加载训练或评估所需的数据集。
- 训练或评估: 根据用户输入的命令行参数启动训练或评估过程。
3. 项目的配置文件介绍
config.yaml
是 TAPE 项目的配置文件。它包含了项目运行所需的各种配置参数,如模型类型、数据集路径、训练参数等。以下是 config.yaml
的主要内容:
model:
type: "transformer"
hidden_size: 768
num_layers: 12
num_heads: 12
intermediate_size: 3072
dataset:
path: "data/protein_data.csv"
batch_size: 32
training:
epochs: 10
learning_rate: 0.001
optimizer: "adam"
evaluation:
metrics: ["accuracy", "f1_score"]
- model: 定义模型的类型和参数,如隐藏层大小、层数、头数等。
- dataset: 定义数据集的路径和批次大小。
- training: 定义训练的参数,如训练轮数、学习率和优化器。
- evaluation: 定义评估的指标,如准确率和 F1 分数。
通过修改 config.yaml
文件中的参数,用户可以灵活地调整模型的配置和训练过程。