metaGEM 开源项目教程

metaGEM 开源项目教程

metaGEM:gem: An easy-to-use workflow for generating context specific genome-scale metabolic models and predicting metabolic interactions within microbial communities directly from metagenomic data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/metaGEM

1. 项目的目录结构及介绍

metaGEM 项目的目录结构如下：

metaGEM/
├── LICENSE
├── README.md
├── config
│   ├── config.yaml
│   ├── samples.tsv
│   └── tasks.tsv
├── envs
│   ├── metaGEM.yaml
│   └── scripts
│       ├── check_samples.sh
│       ├── download_data.sh
│       ├── make_samples.sh
│       ├── prepare_data.sh
│       ├── run_all.sh
│       └── submit_slurm.sh
├── notebooks
│   ├── 01_data_preprocessing.ipynb
│   ├── 02_assembly.ipynb
│   ├── 03_binning.ipynb
│   ├── 04_annotation.ipynb
│   ├── 05_quantification.ipynb
│   └── 06_visualization.ipynb
├── scripts
│   ├── check_samples.py
│   ├── download_data.py
│   ├── make_samples.py
│   ├── prepare_data.py
│   ├── run_all.py
│   └── submit_slurm.py
└── Snakefile

目录结构介绍

• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文档。
• config: 配置文件目录，包含项目的主要配置文件和样本信息。
• envs: 环境配置文件目录，包含 Conda 环境配置文件和脚本。
• notebooks: Jupyter 笔记本目录，包含数据处理、组装、分箱、注释、定量和可视化的笔记本。
• scripts: 脚本目录，包含用于数据检查、下载、样本生成、数据准备、运行所有任务和提交 SLURM 作业的脚本。
• Snakefile: Snakemake 工作流配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 Snakefile。这个文件定义了整个工作流的规则和步骤。通过运行 Snakefile，可以自动化执行数据处理、组装、分箱、注释、定量和可视化等一系列任务。

Snakefile 介绍

Snakefile 使用 Snakemake 工作流管理系统，定义了一系列规则（rules），每个规则描述了一个具体的任务或步骤。这些规则通过输入、输出和执行命令来定义任务的具体内容。

例如：

rule download_data:
    input:
        "config/samples.tsv"
    output:
        "data/raw/{sample}.fastq.gz"
    shell:
        "scripts/download_data.py {input} {output}"

这个规则定义了数据下载任务，输入是样本信息文件，输出是下载的原始数据文件，执行命令是调用 download_data.py 脚本。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要位于 config 目录下，包括 config.yaml、samples.tsv 和 tasks.tsv。

config.yaml

config.yaml 是项目的主要配置文件，包含了各种参数和设置，如数据路径、工具路径、参数设置等。

例如：

data_path: "data/raw"
output_path: "results"
tools:
  assembly: "megahit"
  binning: "metabat2"
parameters:
  threads: 8
  memory: 16G

samples.tsv

samples.tsv 是样本信息文件，包含了样本的详细信息，如样本名称、数据路径等。

例如：

sample_id    data_path
sample1      data/raw/sample1.fastq.gz
sample2      data/raw/sample2.fastq.gz

tasks.tsv

tasks.tsv 是任务信息文件，包含了需要执行的任务列表和相关参数。

例如：

task_id    rule    parameters
task1      download_data    threads=8
task2      assembly    threads=8,memory=16G

通过这些配置文件，可以灵活地配置和调整项目的运行参数和任务列表。

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