tidybayes 项目教程

tidybayes 项目教程

tidybayesBayesian analysis + tidy data + geoms (R package)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ti/tidybayes

项目介绍

tidybayes 是一个 R 包，旨在使贝叶斯模型的数据处理和可视化更加整洁和高效。它提供了一系列函数，帮助用户从贝叶斯模型中提取整洁的数据帧，并生成点估计和区间，以便于进一步分析和可视化。tidybayes 支持多种贝叶斯模型，如 JAGS、Stan、rstanarm、brms 等，并且与 ggplot2 和 ggdist 等包紧密集成，提供了丰富的可视化选项。

项目快速启动

安装 tidybayes

首先，确保你已经安装了 R 和 RStudio。然后，使用以下命令安装 tidybayes：

install.packages("tidybayes")

加载 tidybayes 和其他依赖包

library(tidybayes)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tidyr)

示例数据集

我们将使用一个简单的数据集来演示 tidybayes 的使用。这个数据集包含 10 个观测值，分为 5 个条件：

set.seed(5)
n <- 10
n_condition <- 5
ABC <- tibble(
  condition = factor(rep(c("A", "B", "C", "D", "E"), each = n)),
  response = rnorm(n * n_condition, c(0, 1, 2, 1, -1), 0.5)
)

拟合模型

使用 brms 包来拟合一个简单的线性模型：

library(brms)
fit <- brm(response ~ condition, data = ABC)

提取和可视化结果

使用 tidybayes 提取模型结果并进行可视化：

ABC %>%
  add_fitted_draws(fit) %>%
  ggplot(aes(x = condition, y = .value)) +
  stat_pointinterval(.width = c(.66, .95)) +
  theme_minimal()

应用案例和最佳实践

案例一：多组数据比较

假设我们有一个实验，其中包含多个组的数据，我们希望比较这些组的均值和置信区间。使用 tidybayes，我们可以轻松地提取这些信息并进行可视化：

ABC %>%
  add_fitted_draws(fit) %>%
  group_by(condition) %>%
  median_qi(.value) %>%
  ggplot(aes(x = condition, y = .value, ymin = .lower, ymax = .upper)) +
  geom_pointrange() +
  theme_minimal()

案例二：模型诊断

tidybayes 还可以用于模型诊断，例如检查残差的分布：

ABC %>%
  add_residual_draws(fit) %>%
  ggplot(aes(x = .residual)) +
  geom_histogram(binwidth = 0.1) +
  theme_minimal()

典型生态项目

tidybayes 与多个 R 包紧密集成，形成了一个强大的生态系统，包括：

• ggplot2: 用于数据可视化。
• brms: 用于拟合贝叶斯回归模型。
• rstanarm: 用于拟合 Stan 模型。
• ggdist: 提供了一系列用于可视化分布的 geoms 和 stats。

这些包共同构成了一个完整的工具链，用于贝叶斯数据分析和可视化。

通过本教程，你应该对 tidybayes 的基本使用有了一个全面的了解，并能够开始在自己的项目中应用它。

tidybayesBayesian analysis + tidy data + geoms (R package)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ti/tidybayes