ASAP 开源项目使用教程

ASAP 开源项目使用教程

ASAP ASAP is a package that can quickly analyze and visualize datasets of crystal or molecular structures. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/asap1/ASAP

1. 项目介绍

ASAP（Automatic Selection And Prediction tools for materials and molecules）是一个用于快速分析和可视化晶体或分子结构数据集的工具包。ASAP 提供了多种功能，包括生成描述符、二维映射、聚类分析、回归模型拟合、核密度估计以及数据子集选择等。该项目旨在帮助研究人员和开发者快速处理和分析材料科学和化学领域的数据。

2. 项目快速启动

安装

首先，您可以通过以下命令安装 ASAP：

pip install asaplib

或者，您也可以通过克隆 GitHub 仓库并手动安装：

git clone https://github.com/BingqingCheng/ASAP.git
cd ASAP
pip install .

基本使用

以下是一个快速启动的示例，展示如何生成描述符并进行二维映射：

生成描述符

假设您有一个包含分子结构的 XYZ 文件 small_molecules-1000.xyz，您可以使用以下命令生成 SOAP 描述符：

asap gen_desc --fxyz small_molecules-1000.xyz soap

生成二维映射

生成描述符后，您可以使用以下命令生成二维 PCA 映射：

asap map -f small_molecules-SOAP.xyz -dm '[SOAP-n4-l3-c1.9-g0.23]' -c dft_formation_energy_per_atom_in_eV pca

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

ASAP 在材料科学和化学领域有广泛的应用，例如：

• 材料映射：通过生成材料结构的描述符并进行二维映射，研究人员可以快速识别材料之间的相似性和差异性。
• 分子结构分析：ASAP 可以用于分析分子结构数据集，帮助研究人员理解分子之间的相互作用和性质。

最佳实践

• 数据预处理：在使用 ASAP 进行分析之前，确保数据格式正确且完整。ASAP 支持多种输入格式，但建议使用扩展 XYZ 格式以获得最佳兼容性。
• 参数优化：在生成描述符和进行映射时，根据具体需求调整参数，以获得最佳的分析结果。

4. 典型生态项目

ASAP 作为一个开源工具，与其他材料科学和化学领域的开源项目有良好的兼容性。以下是一些典型的生态项目：

• ASE (Atomic Simulation Environment)：一个用于构建、操作和分析原子模拟的 Python 库，ASAP 可以与 ASE 无缝集成。
• DScribe：一个用于生成原子和分子描述符的 Python 库，ASAP 可以利用 DScribe 生成的描述符进行进一步分析。
• Chemiscope：一个用于交互式可视化化学数据的工具，ASAP 生成的数据可以直接用于 Chemiscope 进行可视化。

通过这些生态项目的结合，ASAP 可以为材料科学和化学领域的研究提供更强大的工具支持。

ASAP ASAP is a package that can quickly analyze and visualize datasets of crystal or molecular structures. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/asap1/ASAP