nf-core/sarek 开源项目使用教程

nf-core/sarek 开源项目使用教程

sarekAnalysis pipeline to detect germline or somatic variants (pre-processing, variant calling and annotation) from WGS / targeted sequencing项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sa/sarek

1. 项目的目录结构及介绍

nf-core/sarek/
├── assets
│   └── logo.png
├── bin
│   └── nextflow
├── conf
│   ├── base.config
│   ├──igenomes.config
│   └──modules.config
├── docs
│   ├── images
│   ├── installation.md
│   ├── pipeline_parameters.md
│   └── usage.md
├── lib
│   └── nextflow
├── main.nf
├── nextflow.config
├── README.md
└── workflows
    └── sarek.nf

• assets: 存放项目的相关资源文件，如logo等。
• bin: 存放可执行文件，如nextflow。
• conf: 配置文件目录，包含基础配置、igenomes配置和模块配置。
• docs: 文档目录，包含安装指南、参数说明和使用说明等。
• lib: 库文件目录，存放nextflow相关的库文件。
• main.nf: 项目的主启动文件。
• nextflow.config: 项目的全局配置文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• workflows: 工作流目录，包含具体的工作流文件。

2. 项目的启动文件介绍

main.nf

main.nf 是项目的启动文件，负责整个工作流的初始化和执行。它包含了工作流的主要逻辑和步骤。

// main.nf 示例代码
nextflow.enable.dsl = 2

include { INITIALIZE_WORKFLOW } from './workflows/sarek.nf'

workflow {
    INITIALIZE_WORKFLOW()
}

3. 项目的配置文件介绍

nextflow.config

nextflow.config 是项目的全局配置文件，包含了工作流的全局参数和设置。

// nextflow.config 示例代码
params {
    input = ''
    outdir = './results'
    genome = 'GRCh38'
}

process {
    executor = 'local'
    cpus = 4
    memory = '8 GB'
}

conf/base.config

conf/base.config 是基础配置文件，定义了工作流的基础参数和设置。

// conf/base.config 示例代码
process {
    withLabel:fastqc {
        cpus = 2
        memory = '4 GB'
    }
}

conf/igenomes.config

conf/igenomes.config 是igenomes配置文件，用于配置参考基因组的相关参数。

// conf/igenomes.config 示例代码
params {
    igenomes_base = 's3://ngi-igenomes/igenomes'
    igenomes_ignore = false
}

conf/modules.config

conf/modules.config 是模块配置文件，定义了各个模块的具体配置。

// conf/modules.config 示例代码
process {
    withLabel:mapping {
        cpus = 8
        memory = '16 GB'
    }
}

以上是 nf-core/sarek 开源项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这份文档能帮助你更好地理解和使用该项目。

sarekAnalysis pipeline to detect germline or somatic variants (pre-processing, variant calling and annotation) from WGS / targeted sequencing项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sa/sarek