TopologyX：拓扑数据分析的利器

TopologyX：拓扑数据分析的利器

TdaToolbox Topological Data Analysis toolkit, with examples 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tda/TdaToolbox

项目介绍

TopologyX 是一个专注于拓扑数据分析（Topological Data Analysis, TDA）的开源项目。TDA 是一个新兴领域，结合了应用拓扑学和计算几何学的研究成果，旨在为数据科学提供基于数学、统计学和算法的工具，以挖掘数据中的拓扑结构和几何特征。TopologyX 的目标是开发一系列工具，这些工具在数据科学中具有广泛的应用，尤其是在分类任务中已经证明了其有效性。

项目技术分析

TopologyX 项目基于 Python 开发，使用了多种先进的开源库和技术栈，包括：

• Python：作为项目的主要编程语言，Python 提供了强大的数据处理和科学计算能力。
• Poetry：用于依赖管理和项目打包，确保项目的可维护性和可扩展性。
• Gudhi：一个强大的拓扑数据分析库，提供了丰富的拓扑结构计算工具。
• Keras：用于深度学习模型的构建和训练，增强了项目的机器学习能力。

通过这些技术的结合，TopologyX 能够高效地处理复杂的数据结构，提取有价值的拓扑特征，并应用于各种数据分析任务。

项目及技术应用场景

TopologyX 的应用场景非常广泛，尤其适用于以下领域：

• 数据分类：通过提取数据的拓扑特征，TopologyX 能够显著提高分类任务的准确性。
• 聚类分析：TopologyX 提供了强大的聚类算法，能够发现数据中的潜在结构和模式。
• 异常检测：利用拓扑不变量，TopologyX 可以有效地识别数据中的异常点。
• 生物信息学：在基因表达数据分析、蛋白质结构预测等领域，TopologyX 能够提供独特的视角和方法。

项目特点

• 开源免费：TopologyX 是一个完全开源的项目，用户可以自由使用、修改和分发。
• 易于集成：通过简单的 pip 安装命令，用户可以快速将 TopologyX 集成到现有的 Python 项目中。
• 丰富的示例：项目提供了详细的 Jupyter Notebook 示例，帮助用户快速上手并理解如何应用 TopologyX 进行数据分析。
• 强大的社区支持：TopologyX 拥有活跃的开发者社区，用户可以通过 GitHub 提交问题和建议，获得及时的帮助和支持。

如何开始

安装

pip install topologyx
# 或者使用 poetry
poetry add topologyx

使用示例

from topologyx.filtrations import Filtration

filtration = Filtration(data, use_alpha=False)
filtration.build_persistence_diagram(filtration_type=FiltrationType.SIMPLE, dimension=0)

from topologyx.clustering import TomatoClustering

tomato = TomatoClustering(data)
_ = tomato.estimate_clusters(visualize=True)
_ = tomato.fit_predict(n_clusters=3, visualize=True)

本地安装

git clone https://github.com/merylldindin/topologyx
# 安装依赖
make install

使用 Notebooks

TopologyX 提供了丰富的 Jupyter Notebook 示例，用户可以直接使用这些示例进行学习和实验。特别是以下两个教程：

• 3D 形状的过滤教程：filtrations.ipynb 展示了如何处理三维形状，并生成拓扑分析的结果。
• ToMaTo 聚类教程：clustering.ipynb 重点介绍了 TDA 在聚类分析中的应用，展示了如何发现数据中的中心点和结构关系。

TopologyX 是一个功能强大且易于使用的拓扑数据分析工具，无论你是数据科学家、研究人员还是开发者，都能从中受益。快来尝试一下，探索数据中的拓扑之美吧！

TdaToolbox Topological Data Analysis toolkit, with examples 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tda/TdaToolbox